Чрез десять лет (1 октября 1604 г.), однако ж, патриархов тиун, которому поручено было выдавать знамена священникам, нанимавшимся служить по церквам, доложил патриарху, что поповские старосты и десятские в избу не приходят и попов и диаконов от бесчинства не унимают, безместные попы и диаконы в поповскую избу не ходят и пред литургиею правила не правят, а садятся у Флоровского моста и чинят великие бесчинства, заводят игры, бранятся и борются между собою и тут же нанимаются служить литургию; приезжие попы нанимаются служить без разрешения и ему, тиуну, ставленых своих грамот не кажут, его не слушают, бранят и позорят. Тогда патриарх Иов приказал позвать всех поповских старост к себе, убеждал их быть ревностными к своему долгу и велел вновь выдать им письменный наказ, в котором, впрочем, изложены были прежние правила, только в другом порядке и с немногими дополнениями. Здесь, например, было сказано: а) если у каких-либо храмов, ружных и других, нет приходов или и есть, да не великие и попам и диаконам нечем кормиться, то им велеть служить в своих храмах только по субботам, воскресеньям и праздникам, а в прочие дни наниматься для служения в иных церквах; б) старостам смотреть внимательно, чтобы попы ружные и приходские не служили обеден рано, до восхода солнечного, а служили бы обедни в третьем часу дня; только в те дни, когда в соборе бывают молебны или крестные ходы, могут служить обедню раньше; в) смотреть также поповским старостам и десятским, чтобы безместные попы и диаконы, не явясь патриархову тиуну, не нанимались служить обеден и чтобы тиун брал с них только по деньге от обедни, не больше; а если он начнет брать больше, то старостам доносить на него патриарху, или если поп и диакон наймутся где-либо служить, не явясь тиуну, то тиуну брать с них промыту по две гривны да хоженого по десяти денег.
Патриарх Иов установил, разумеется с согласия Собора и соизволения государя, несколько новых церковных праздников. Первый по времени в честь Василия Блаженного, Христа ради юродивого, Московского. С 1588 г. у гроба его начали совершаться многое чудеса, вследствие этого патриарх с Собором определил праздновать память новоявленного чудотворца в день его кончины 2 августа, а царь Федор Иванович велел устроить в Покровском соборе придел во имя Василия Блаженного на месте, где был он погребен, и соорудил для мощей его серебряную позлащенную раку. Второй праздник - в честь преподобного Иосифа Волоколамского: ему Собором 1579 г. положено было праздновать только местно, в основанной им обители, но Собором 1591 г. определено праздновать по всей России 9 сентября, и сам патриарх Иов написал преподобному канон и исправил службу. Третий - в честь трех святителей Московских - Петра, Алексия и Ионы: особые празднества каждому из них существовали уже прежде, теперь, в 1595 г., постановлено было праздновать еще всем им вместе, в один день, 5 октября. Четвертый - в честь Казанских чудотворцев Гурия и Варсонофия: мощи того и другого обретены были вместе 4 октября 1595 г. и вслед за тем положено было праздновать этот день обоим святителям. Пятый - в честь благоверного князя углицкого Романа Владимировича. Он жил еще в XIII в., но мощи его обретены нетленными только в 1595 г. и по указу патриарха Иова свидетельствованы Казанским митрополитом Гермогеном и перенесены в новую соборную церковь Углича, в которой почивают доселе, тогда же постановлено было местно праздновать благоверному князю в день его кончины, 3 февраля. Шестой - в честь преподобного Антония римлянина, мощи которого открыты в 1597 г. Седьмой - в честь преподобного Корнилия Комельского. В 1600 г. игумен Корнилиева монастыря Вологодской епархии донес патриарху Иову, что от мощей преподобного Корнилия в продолжение многих лет совершаются чудесные исцеления различных болезней, и представил на рассмотрение Собора житие преподобного, стихиры ему и канон. Отцы Собора спросили находившегося между ними Вологодского архиепископа Иону про чудеса преподобного Корнилия, и Иона подтвердил, что от раки преподобного действительно бывают многочисленные чудеса, и присовокупил, что ему уже местно празднуют не только в основанной им обители, но и в Вологде и во всем Вологодском уезде. После этого Собор, рассмотрев житие преподобного Корнилия с стихирами и каноном ему и нашедши, что они составлены "по образу и по подобию, якож и прочим святым", определил: праздновать преподобному Корнилию по всей России в 19-й день мая. Кроме того, с дозволения государя и благословения патриарха Иова в 1595 г. перенесены были из тверского Отроча монастыря в Соловецкий мощи святителя Московского Филиппа, и началось местное празднование ему 9 генваря, а в 1595 г. перенесены были мощи Казанского святителя Германа из Москвы, где он скончался и был погребен в церкви Николая Чудотворца, называемого Мокрым, в свияжский Богородицкий монастырь, им основанный, и началось местное празднование этому святителю 6 ноября.