Особенное уважение, как и всегда, было оказываемо иконам чудотворным и новоявленным. Когда в 1540 г. принесены были из Ржевы в Москву две чудотворные иконы: икона Пречистой Богородицы Одигитрии и другая, изображавшая Честной Крест, они встречены были самим митрополитом Иоасафом и всем освященным Собором, а также самим государем с князьями, боярами и множеством народа, и на месте сретения великий князь повелел поставить церковь во имя Пречистой. Когда в 1551 г. воеводы, ставившие новый город Михайлов на реке Прони, донесли царю, что при расчищении места для соборной церкви они обрели образ архангела Михаила древнего письма, то царь и митрополит Макарий посылали священников для принесения этого явленного образа в Москву, совершали пред ним молебные пения и с торжеством отпустили его на место, где он явился. Когда псковский наместник князь Токмаков донес царю о явлении двух икон Божьей Матери - Умиления и Одигитрии на Синичей горе (в 40 верстах от Опочки) и о совершающихся чудесах от этих икон, царь приказал основать (1569) на месте явления их монастырь и каменный храм во имя Успения Богородицы. С того времени эта гора начала называться Святою, монастырь - Святогорским Успенским, а новоявленные иконы - чудотворными Святогорскими. Через десять лет совершилось в Казани явление иконы Божией Матери, известной под именем Казанской, и царь Иван Васильевич приказал построить на месте явления ее церковь во имя Пресвятой Богородицы и основать женский монастырь, сделав для того значительное пожертвование из собственной казны и назначив отпускать деньги на содержание священннослужителей, игуменьи и сорока сестер. При таком уважении к древним и чудотворным иконам очень естественно то, что великие князья московские, покорив какой-либо город своей власти, иногда брали из него в Москву древние и чудотворные иконы на время или навсегда. Великий князь Василий Иванович, покорив Смоленск (1514), велел перенесть оттуда в Москву чудотворную икону Смоленской Божией Матери, но вскоре по просьбе жителей Смоленска возвратил ее им, оставив в московском Успенском соборе только верный с нее список. Когда царю Иоанну IV было донесено, что войска его взяли (1558) город Нарву, во время случившегося там пожара и по окончании пожара нашли на пожарище четыре совершенно уцелевшие иконы, именно: Божией Матери, Николая Чудотворца, святого Власия и святых Косьмы и Дамиана, царь приказал Новгородскому архиепископу, чтобы эти иконы с подобающею честию были перевезены сперва в Новгород и затем в Москву. В 1561 г. тот же государь взял из Новгорода в Москву три древние корсунские иконы: из Софийского собора - икону Всемилостивого Спаса, писанную, по преданию, греческим императором Мануилом и икону святых апостолов Петра и Павла и из Юрьева монастыря - икону Благовещения Пресвятой Богородицы, но чрез одиннадцать лет две из этих икон возвратил, одну - святых апостолов Петра и Павла - в подлиннике, а другую - Всемилостивого Спаса - только в копии, оставив подлинник в московском Успенском соборе. А в 1570 г., когда Грозный царь совершал свои страшные казни над новгородцами за их мнимую измену, он повелел забрать в Москву все вообще древние и чудотворные иконы не только из Софийского собора, но и из прочих церквей и монастырей, городских и пригородних, вместе с другими церковными драгоценностями. Тогда-то, вероятно, взяты были из Софийского собора в московский Успенский собор и две известные, доныне находящиеся в нем запрестольные иконы Всемилостивого Спаса и Божией Матери, которые, по преданию, принесены из Корсуня еще святым Владимиром.