Поставление митрополита Ионы, хотя имело все свойства законности, но как выходившее из ряда естественно должно было привлечь на себя внимание и возбудить мнения и толки. Потому сам святитель сознавал нужду выяснять значение этого события верующим. Едва только взошедши на свою кафедру, он в своей окружной грамоте ко всем христианам русским между прочим писал: "Вам известно, дети, сколько лет вдовствовала Церковь Божия без большего святителя, без митрополита, и оттого много учинилось лиха и истомы христианству нашей земли. И ныне, волею Божиею, собрались на священный Собор владыки, и архимандриты, и игумены со всем великим Божиим священством нашей земли и, припомнив прежнее о нас повеление святого царя и благословение святого Вселенского патриарха и всего святого Вселенского Собора, поставили меня митрополитом по Божественным правилам и по думе господина сына моего великого князя Василия Васильевича и младшей его братии - князей, которые, пока было в Царьграде православие, оттуда принимали и благословение и митрополита". Еще подробнее излагал дело святой Иона в послании к киевскому князю Александру Владимировичу: "Ты сам знаешь, что сталось в Царьграде в царях и в патриаршестве… В великой соборной церкви и в палате царской начали поминать имя папы, тогда как ни в монастырях, ни в одной из церквей во всем Царьграде и во всей Святой горе нигде не поминается имя папино, а держат все по милости Божией добрую старину. Посему доселе в Русской митрополии не было митрополита - не к кому было посылать: царь не таков, и патриарх не таков; они иномудрствуют и приближаются к латинам". Затем Иона говорил, как великий князь Василий Васильевич, ревнуя об отечественной Церкви, многократно ("во многия времена") совещался со всеми святителями и другими пастырями своей земли, сносился со всеми православными князьями, разыскивал старину, представившую примеры поставления митрополитов если не в Москве или Владимире, то в Киеве, и как наконец Собор русских иерархов поставил его, Иону, митрополитом по священным правилам и по прежнему благословению, данному ему еще в Царьграде от патриарха. Эти же самые мысли и объяснения святой Иона повторял и впоследствии в своих посланиях к литовским епископам. И не напрасны были такие объяснения: известно, например, что даже преподобный Пафнутий Боровский соблазнялся поставлением митрополита Ионы, не велел называть его митрополитом, не хотел исполнять в своей обители его пастырских распоряжений и объяснялся с ним непочтительно, так что Иона жаловался великому князю Василию Васильевичу, и Пафнутий, заключенный в оковы, должен был довольно времени просидеть в темнице, пока не смирился, не покаялся и не получил благословения от митрополита возвратиться в свою обитель.