В ответе на жалобу Новгородского архиепископа Моисея патриарх Филофей писал ему еще прежде, чтобы он "не только не дерзал противиться своему митрополиту, не искал к тому никакого предлога и никогда не делал в отношении к нему ничего предосудительнаго, напротив, горячо и неизменно был ему предан" - свидетельство, что жалоба эта на какие-то насилия от святого Феогноста была несправедлива, по крайней мере, признана несправедливою патриархом 45. Теперь, с возведением на кафедру Русской митрополии Алексия патриарх счел нужным опять обратиться к Новгородскому владыке с посланием, в котором, изъяснив причины возведения Алексиева, убеждал владыку покоряться и новому первосвятителю. В послании, между прочим, сказано: "Святейший митрополит Киевский и всей России кир Алексий, возлюбленный о Господе брат и сослужитель нашей мерности, отправляется с Богом в предоставленную ему святейшую митрополию. Потому мы пишем к твоему боголюбию, чтобы и ты возрадовался пришествию его и оказывал ему подобающую честь и послушание в том, что он будет говорить душеполезного и спасительного как пастырь и учитель согласно с Божественными и священными догматами Церкви Божией. Это и Богу благоприятно, и пред нашею мерностию и Божественным и священным Собором похвально. Это повелевают и Божественные и священные каноны, когда явственно так говорят: "Епископам каждого народа надобно знать первого между ними и оказывать ему всякое почтение и покорность". Но так как по духовной любви и расположенности, какую имел святейший архиерей кир Феогност к сему епископу Владимирскому, он дал ему право носить на фелони четыре креста, то мы, соответственно твоему Собственному желанию и молению, сделали это и для тебя. Посему ты должен быть благодарным и более не позволять себе, но оказывать святейшему митрополиту своему покорность к какой ты обязан". Нельзя здесь не остановиться и не спросить: не это ли преимущество, данное Феогностом епископу Владимирскому Алексию пред Новгородским владыкою, и огорчало последнего и было одною из причин, если не единственною, доноса его на митрополита? Чрез несколько строк патриарх продолжает: "Если же, паче чаяния, возникнет какая-нибудь распря из-за того, что мы сделали в отношении к тебе, т. е., как выше означено, из-за крестов, то об этом и об одном только этом деле ты доноси нашей мерности, чтобы она распорядилась по своему усмотрению: в отношении к этому одному предмету даем тебе такое право. Во всяком же другом деле, например если позовет тебя митрополит твой к себе, или в другом каком-либо случае ты подлежишь его власти и суду. И если в исследовании и суде случится недоумение, ты от него, т. е. святейшего митрополита Киевского и всей России, принимай суд и исследование, ни в чем не противореча и не противясь по сохраняющемуся издревле в таких делах благочинию и по преданию тех же Божественных канонов. Но так как священные каноны и то заповедуют, чтобы, когда у тебя случится необходимая надобность писать донесение к нашей мерности, ты прежде дал знать об этом своему митрополиту и с его ведома и воли писал свое донесение, уважая установленный для таких случаев порядок, то и мерность наша, соответственно предписаниям канонов, повелевает, чтобы ничто в этом случае не делалось у тебя без совета митрополита, но чтобы все совершалось таким именно образом. А если ты не будешь оказывать в отношении к своему митрополиту, соответственно тем же Божественным канонам, подобающей покорности по своей обязанности, то знай, что он уполномочен от нашей мерности делать с тобою все, на что имеет право по канонам, и то, что в таком роде будет им сделано, непременно будет утверждено согласием и нашей мерности. И ты не найдешь от нас совершенно никакой помощи, если, паче чаяния, явишься непослушным и непокорным к утвержденному митрополиту твоему. Итак, соблюдай себя в мире, как должно, и поступай непреложно и неизменно так, как мы пишем и внушаем твоему боголюбию в настоящей грамоте, посланной для руководства тебе. Благодать Божия да будет с твоим боголюбием" 46. Если для Новгородских владык нужны были такие внушения со стороны патриарха, можно судить, как неохотно покорялись эти владыки своему митрополиту.
Что касается до митрополита Феодорита, который, несмотря на свое низложение патриаршим Собором, все еще "разбойнически и тирански присвоивал себе Киев и находился в нем" 47, то патриарх Филофей вновь писал (в июле 1354 г.) о самозванце в Россию и убеждал Новгородского владыку не принимать его, напротив, покоряться своему законному первосвятителю Алексию. "Впрочем, - сказано в послании, - если он, Феодорит, отложит совершенно права священноначальственные, то пусть остается только простым христианином. Если же будет упорно стараться удерживать их и пребывать в своем звании, то, кроме того что он низложен, пусть еще будет отлучен и чужд христианского звания, равно как и тот, кто будет принимать его в общение или уже теперь принимает" 48.