Между тем Елисавета дала приказание арестовать и отвезти в крепость Шапюзо и четырех служителей Лестока, о которых предполагалось, что они могут сообщить сведения о поведении Лестока. Императрица говорила своим приближенным, будто считает преступным уже то, что эти господа взяли на себя роль судей над чужим человеком, и если они совершенно невинны, то нечего им страшиться шпионства над собой. 22-го декабря Лесток попытался еще раз явиться к государыне, но его не допустили, а 24-го декабря, в 11 часов утра, генерал Апраксин со ста пятьюдесятью солдатами явился в дом Лестока и объявил ему арест в его доме, причем удалили от него употребление ножа и всякого острого орудия. Жена Лестока была в церкви и в тот день причащалась: по возвращении домой и она получила приказание оставаться в своем доме под арестом. В этот самый день при дворе устраивалась помолвка фрейлины Салтыковой; государыня была отменно весела, а сам Лесток был назначен в числе шаферов невесты, но, разумеется, теперь не явился. Наконец, 26-го декабря, императрица оставила столицу и перебралась в Царское Село, а Лесток, того же дня вечером, вместе с женою был отвезен в крепость. Александр Шувалов, заменивший недавно умершего Ушакова в начальстве тайною канцелярией, вел допрос над Лестоком и его участниками. К Шувалову придан был граф Апраксин, большой приятель Бестужева. Лесток с необычайным терпением несколько дней отказывался от пищи, позволяя себе глотать только немного минеральной воды; на делаемые ему вопросы – не отвечал ничего. Но Шапюзо, ввиду пыток, которыми его стали пугать, объявил, что Лесток получал от прусского короля пенсион и вел ночные беседы с посланниками прусским и шведским; назвал, кроме того, приятелями Лестока вице-канцлера графа Воронцова, генерал-прокурора князя Трубецкого и генерала Румянцева, но о смысле бесед их между собою отозвался незнанием, говоря, что Лесток давно уже не показывает к нему откровенности. Елисавета, не допросившись ничего от Лестока и Шапюзо, приказала прибегнуть к пыткам, как к неизбежному в те времена средству доискаться правды, в случае запирательства обвиняемого. Лестока вздернули на дыбу. Этот человек, уже одиннадцать дней не принимавший никакой пищи, с равным присутствием духа вынес мучение на дыбе и показал столько духовной крепости, что, снятый с дыбы, сам пошел в свой каземат. Он отрицал все, в чем думали обличить его, и клялся, что ни в чем не погрешил против государыни. «Все мое несчастье, – говорил он, – сталось по злобе великого канцлера. Но придет время – правда всплывет наверх, и государыня начнет сожалеть, что оказывала доверенность этому человеку».
К нему подослали жену его, научивши ее убеждать мужа сознаться, и обещали пощаду и возвращение милости государыни. «Кто раз побывал в катовских (палача) руках, тот уже не может желать никакой к себе милости», – отвечал Лесток.
Лестоку не трудно было запираться. После того, как арестовали Шапюзо, у Лестока оставалось еще четыре свободных дня; в это время он успел передать все компрометировавшие его бумаги шведскому послу Волькенстиерну, а тот с ними уехал тотчас в Стокгольм, и во время процесса, производившегося над Лестоком, невозможно было отыскать никаких письменных доказательств к его обвинению. Тем не менее, процесс над ним затянулся более чем на год и окончился уже в 1750 году. Все имущество его было конфисковано; из него взято на судебные издержки так много, что на одни письменные материалы выставлена была неимоверная сумма – 800 рублей. Его дом в Петербурге подарен был графу Апраксину, производившему над ним следствие вместе с Шуваловым. Лестока сослали в Углич и там содержали очень строго и скудно, а в 1753 году, в виде облегчения, перевели в Устюг-Великий и дозволили жить с ним его жене. Там пробыл он до кончины Елисаветы.