Назначение Петра Могилы митрополитом в Киеве произвело чрезвычайный восторг. Ученики братского училища сочиняли ему гимны и панегирики. «Если бы ты вздумал, – говорилось в приветствии ему, – отправиться от Киева до Вильно и до пределов русских и литовских, с какою радостью встретили бы тебя те, которыми наполнены суды, темницы и подземелья за непорочную веру восточную?» Типографщики поднесли напечатанную ими стихотворную брошюру под названием «Евфония веселобремячая», а киевские мещане, заодно с казаками и православными духовными, в порыве восторга бросились отнимать у униатов древнюю святыню русскую – Софийский собор. Униатский митрополит Иосиф Вильямин Руцкий жил не в Киеве, а в Вильне. Софийский собор стоял пустой; богослужение в нем не отправлялось; а ключи находились у шляхтича Корсака. Место, где находится Софийский собор, было тогда за городом и отделялось от жилой части Старого города валом. Близ него расположена была небольшая софийская слободка. Там жил Корсак, страж покинутого храма. Киевляне, под предводительством Баляски, Веремиенка и слесаря Быковца, толпою в пятьсот человек бросились на дом Корсака. Пан был в отлучке; в доме оставалась его мать, у которой были в то время гости. Киевляне потребовали ключей от собора. Пани Корсакова не дала ключей. Тогда киевляне объявили, что сами найдут ключи, бросились к собору, отбили колодки, которыми запирался собор, выломали двери, отколотили тех, которые хотели помешать им, забрали ризницу и утварь и отвезли в лавру к митрополиту. Затем толпа вновь вернулась в дом Корсака и начала выгонять из дому пани Корсакову и ее родных, сидевших с доминиканами, которых она нарочно позвала, чтоб они впоследствии на суде могли быть свидетелями. Толпа ругала пани Корсакову, прицеливалась ружьями в форточку окна и кричала: «Выволочемо ее на двор и расстреляймо!» На другой день киевляне вывели пани Корсакову и ее родных из дому и обязали слобожан повиноваться православному митрополиту. Вместе с церковью Св. Софии киевляне тогда же овладели деревянною церковью Св. Николая, на месте Десятинной, и древними стенами церкви Св. Василия, построенной Св. Владимиром на Перуновом холме.
Первым делом митрополита было привести церковь Св. Софии в благолепный вид и освятить ее для богослужения; он называл ее «единственным украшением православного народа, главою и матерью всех церквей». Петр Могила старался восстановить древнюю святыню Киева и вместе с тем оживить в народе воспоминание древности. Таким образом, он возобновил церковь Св. Василия; из развалин Десятинной церкви состроил новую каменную церковь, причем, во время производства работ, нашел в земле гроб Св. Владимира и поставил голову его в Печерском монастыре для поклонения, возобновил также древнюю церковь Спаса на Берестове. С особенною любовью относился он к Софийскому собору, хотя жил постоянно в Печерской лавре, оставаясь ее архимандритом.
Ему приписывают сооружение пристроек к ярославовой стене, укрепление их контрфорсами, закладку куполов на хорах, сооружение над ними других куполов на кровле и даже размалевку стен, которою закрыты были старые Ярославовы фрески. Но с этим нельзя согласиться. Архитектура пристроек и особенно двухглавые орлы указывают на более позднее время. Сверх того, существуют рисунки, составленные после Могилы, на которых Софийский собор не в том виде, в каком теперь. В «Триоди», изданной во Львове, в 1642 году, в посвящении Петру Могиле говорится о возобновлении Св. Софии в таком виде: «Церковь Св. Софии в богоспасаемом граде Киеве негдысь от святые памяти княжати и самодержца всея России Ярослава сбудованую и на приклад всему свету выставленную, преосвященство ваше в руинах уже будучую знову реставровал и до першей оздобы коштом своим старанем своим привел, а до того и внутрь розмаитыми иноками святых Божиих и апаратами церковными дивно ириоздобил».