Родоначальником дома Романовых был выехавший из прусской земли выходец Андрей Иванович Кобыла с родным братом своим Федором Шевлягой. Он оставил после себя пять сыновей, от которых, кроме третьего бездетного, пошло многочисленное потомство, давшее начало очень многим родам, как-то: Шереметевым, Колычевым, Неплюевым, Кокоревым, Беззубцовым, Лодыгиным, Коновницыным. Пятый сын Андрея Кобылы был Федор Кошка, знаменитый в свое время боярин, оставивший четырех сыновей; из них у старшего Ивана было четыре сына, последний из них, Захарий, дал своему потомству наименование Захарьиных. Из трех сыновей Захария средний, Юрий, оставил потомство, которое носило название Захарьиных-Юрьиных. Один из этих сыновей Захария Роман был отец царицы Анастасии (первой жены Грозного) и брата ее Никиты. С этого Никиты Романовича род стал называться Романовыми. Близкое свойство детей Никиты с царским домом и добрая память, которую оставил по себе Никита, поставили подозрительного Бориса во враждебное отношение к его детям. Он решился уничтожить этот род и всех сыновей Никиты разослал в тяжелое заключение. Александр, Василий и Михаил Никитичи не пережили царской опалы. Летописцы говорят, что Александра удавили в ссылке, у берегов Белого моря. Василий и Иван были посланы в Пелым. Борис велел их содержать строго, однако не мучить. Но слуги Бориса показывали ему более усердия, чем он, по-видимому, того требовал. Василий скоро умер от дурного обращения с ним приставов. Михаила Никитича держали в земляной тюрьме в Ныробской волости в окрестности Чердыни. До сих пор показывают там в церкви его тяжелые цепи. Более всех братьев выказывался дарованиями и умом Федор Никитич. Он отличался приветливым обращением, был любознателен, научился даже по латыни. Никто лучше его не умел ездить верхом; не было в Москве красивее и щеголеватее мужчины. Современник голландец говорит, что если портной, сделавши кому-нибудь платье и примерив, хотел похвалить, то говорил своему заказчику: теперь ты совершенный Федор Никитич. Этого-то первого московского щеголя насильно постригли в Сийском монастыре под именем Филарета и приставили к нему пристава Воейкова, который должен был наблюдать за каждым его шагом, прислушиваться к каждому его слову и о всем доносить Годунову. Жену его Ксению Ивановну, происходившую из незнатного рода Шестовых, постригли под именем Марфы и сослали в Заонежье в Егорьевский погост Толвуйской волости. Малолетних детей их, Михаила с сестрою, сослали на Белоозеро с теткою их, девицею Анастасиею, сестрою Романовых. Филарет, как доносил пристав Воейков, сильно тосковал о семье и говорил: «Милые мои детки, маленькие бедные остаются, кто-то будет их кормить, поить! А жена моя бедная, на удачу жива ли? Чаю, где-нибудь туда ее замчали, что и слух не зайдет. Ох, мне лихо, что жена и дети, как помянешь их, так словно рогатиною в сердце кольнет. Хоть бы их раньше Бог прибрал. Чаю, жена сама тому рада, чтобы им Бог дал смерть, а мне бы уже не мешали. Я бы стал промышлять один своею душою!..» Между тем, при всей строгости надзора за Филаретом, поп Ермолай и некоторые крестьяне Толвуйской волости сообщали ему о жене его, а ей переносили вести о нем.[115]
В 1605 году, когда борьба Бориса с самозванцем была во всем разгаре, Филарет вдруг изменился и смело отгонял от себя палкою монахов, которые приходили следить за ним. Воейков доносил на него в таких словах: «Живет старец Филарет не по монастырскому чину, неведомо чему смеется, все говорит про птиц ловчих, да про собак, как он в мире живал. Старцев бранит и бить хочет и говорит им: Увидите, каков я вперед буду».
Воцарение названого Димитрия избавило оставшихся в живых двух братьев Романовых от тяжелой ссылки и сделало их знатными людьми в государстве. Иван Романов возведен был в сан боярина, Филарет — в сан ростовского митрополита. Мы не знаем отношений последнего к названому Димитрию, но после его убиения Филарет, еще до избрания Гермогена в патриархи, ездил за мощами царевича Димитрия в Углич. Потом он оставался в своей епархии, в Ростове.