Но не так благосклонно отнесся к желаниям Андрея патриарх Лука Хризоверх, когда Андрей обратился к нему с просьбою посвятить в митрополиты во Владимир своего любимца Феодора. Этим нововведением Андрей хотел решительно возвысить Владимир, зависевший от ростовской епархии; тогда Владимир не только стал бы выше Ростова и Суздаля, а получил бы еще первенствующее духовное значение в ряду русских городов иных земель. Но патриархи, следуя давнему обычаю восточной церкви, не легко и не сразу соглашались на всякие изменения в порядке церковного управления. И на этот раз не согласился патриарх на такую важную перемену, тем более что ростовский епископ Нестор был еще в живых и, преследуемый не любившим его Андреем, бежал тогда в Цареград. Через несколько лет, однако, 1168 года, любимец Андрея Феодор, съездив в Цареград, выхлопотал себе посвящение если не в сан митрополита, то в сан епископа Ростовского. По желанию Андрея, он хотя числился ростовским, но должен был жить во Владимире, так как на это патриарх дал дозволение. Таким образом, его любимый Владимир, если не мог в духовном управлении получить того первенства в Руси, которое принадлежало Киеву, по крайней мере, делался выше Ростова, как местопребывание епископа. Любимец Андрея Феодор до того возгордился, что подобно своему князю, ни во что ставившему Киев, не хотел знать киевского митрополита: не поехал к нему за благословением и считал для себя достаточным поставление в епископы от патриарха. Так как это было нарушение давнего порядка на Руси, то владимирское духовенство не хотело ему повиноваться: народ волновался. Феодор затворил церкви и запретил богослужение. Если веригь летописям, то Феодор по этому поводу, принуждая повиноваться своей верховной власти, позволял себе ужасные варварства: мучил непокорных игуменов, монахов, священников и простых людей, рвал им бороды, рубил головы, выжигал глаза, резал языки, отбирая имения у своих жертв. Хотя летописец и говорит, что он поступал таким образом, не слушая Андрея, посылавшего его ставиться в Киев, но трудно допустить, чтобы все это могло происходить под властью такого властолюбивого князя против его воли. Если подобные варварства не плод преувеличения, то они могли совершаться только с ведома Андрея, или, по крайней мере, Андрей смотрел сквозь пальцы на проделки своего любимца и пожертвовал им только тогда, когда увидел, что народное волнение возрастает и может иметь опасные последствия. Как бы то ни было, Андрей, наконец, отправил Феодора к киевскому митрополиту, который приказал отрубить злодею правую руку, отрезать язык и выколоть глаза. Это – по византийскому обычаю.
Андрею не удалось возвысить свой Владимир в церковном отношении на степень митрополии. Тем не менее Андрей в этом отношении наметил заранее то, что совершилось впоследствии, при его преемниках.
Андрей был посажен на княжение всею землею, в ущерб правам меньших братьев, которые должны были княжить там по распоряжению родителя. Решительный в своих действиях, Андрей предупредил всякие со стороны их попытки к междоусобиям, разом выгнал своих братьев Мстислава, Василька, восьмилетнего Всеволода (1162) и удалил от себя двух племянников Ростиславичей. Братья вместе со своею матерью, греческою царевною, отправились в Грецию, где греческий император Мануил принял их дружелюбно. Это изгнание не только не было событием, противным земле, но даже в летописях оно приписывается как бы земской воле. Андрей выгонял также и бояр, которых не считал себе достаточно преданными. Такие меры сосредоточивали в его руках единую власть над всею ростовско-суздальскою землею и через то самое давали этой земле значение самой сильнейшей земли между русскими землями, тем более что, будучи избавлена от междоусобий, она была в то время спокойна от всякого внешнего вторжения. Но с другой стороны, эти же меры увеличивали число врагов Андрея, готовых, при случае, погубить его всеми возможными средствами.