Но то было только начало смуты. Через два месяца на юге разнесся слух, что Димитрий жив и убежал в Польшу. Вся северская земля, Белгород, Оскол, Елец провозгласили Димитрия. Ратные люди, собранные под Ельцом прежним царем, не хотели повиноваться Шуйскому, избрали предводителем Истому Пашкова и присягнули все до единого стоять за законного царя Димитрия. В Комарницкой волости Болотников возвестил, что он сам видел Димитрия и Димитрий нарек его главным воеводой. Болотников был взят еще в детстве в плен татарами, продан туркам, освобожден венецианцами, жил несколько времени в Венеции и, возвращаясь в отечество через Польшу, виделся с Молчановым, который уверил его, что он Димитрий. Болотников, никогда не видавший царя Димитрия, действовал с полной уверенностью, что стоит за законного государя. Он начал возбуждать боярских людей против владельцев, подчиненных против начальствующих, безродных против родовитых, бедных против богатых. Его грамоты произвели мятеж, охвативший Московское государство подобно пожару. В Веневе, Туле, Кашире, Алексине, Калуге, Рузе, Можайске, Орле, Дорогобуже, в Зубцове, Ржеве, Старице провозгласили Димитрия. Дворяне Ляпуновы подняли, именем Димитрия, всю рязанскую землю. Возмутился город Владимир со всей своей землей. Во многих поволжских городах и в отдаленной Астрахани провозгласили Димитрия. Только Казань и Нижний Новгород еще держались кое-как за Шуйского. В пермской земле отказали Василию давать ратных людей, служили молебны о спасении Димитрия и пили чаши за его здоровье. Новгород и Псков оставались пока верными Шуйскому, но псковские пригороды стояли за Димитрия. Если бы в это время на самом деле явился человек с именем Димитрия, то вся русская земля пошла бы за ним. Но он не являлся, и многие сомневались в справедливости слухов об его спасении, а потому и не решались открыто отпасть oт царствовавшего в Москве государя. Тем не менее к Болотникову стеклась огромная толпа. Он из северской земли двинулся к Москве: города сдавались за городами. 2 декабря Болотников был уже в селе Коломенском. К счастью Шуйского, в полчище Болотникова сделалось раздвоение. Дворяне и дети боярские, недовольные тем, что холопы и крестьяне хотят быть равными им, не видя притом Димитрия, который бы мог разрешить между ними споры, стали убеждаться, что Болотников их обманывает, и начали отступать от него. Братья Ляпуновы первые подали этому отступлению пример, прибыли в Москву и поклонились Шуйскому, хотя не терпели его. Болотников был отбит Скопиным-Шуйским и ушел в Калугу.
Избавившись от осады, Шуйский, по совету с патриархом Гермогеном, пригласил в Москву бывшего патриарха Иова. 20 февраля 1607 года последний разрешил народ от клятвы, наложенной им за нарушение крестного целования Борису. Еще прежде того Шуйский приказал перевезти тела Бориса, его жены и сына и похоронить в Троицко-Сергиевом монастыре. Этими поступками хотел Шуйский примириться с прошлым и тем придать своей власти более законности. Но с наступлением лета силы Болотникова опять начали увеличиваться пришедшими казаками. Явился новый самозванец, родом муромец, незаконный сын «посадской женки», Илейка, ходивший прежде в бурлаках по Волге. Он назвал себя царевичем Петром, небывалым сыном царя Федора; с волжскими казаками пристал он к Болотникову. После нескольких битв, Шуйский осадил Болотникова и названого Петра в Туле. Какой-то муромец Мешок Кравков сделал гать через реку Упу и наводнил всю Тулу: осажденные сдались. Шуйский, обещавши Болотникову пощаду, приказал ему выколоть глаза, а потом утопить. Названого Петра повесили; простых пленников бросали сотнями в воду, но бояр, князей Телятевского и Шаховского, бывших с Болотниковым, оставили в живых.
Воротившись в Москву, Шуйский думал, что теперь для него наступила пора успокоиться, и женился на княжне Марье Петровне Буйносовой-Ростовской, с которой обручился еще при жизни названого царя Димитрия. Новые тревоги не давали ему отдохнуть: вместо повешенного названого Петра явилось несколько царевичей. В Астрахани явился царевич Август, называвший себя небывалым сыном царя Ивана Васильевича от жены Анны Колтовской; потом там же явился царевич Лаврентий, также небывалый сын убитого отцом царевича Ивана Ивановича. В украинских городах явилось восемь царевичей, называвших себя разными небывалыми сыновьями царя Федора (Федор, Ерофей, Клементий, Савелий, Семен, Василий, Гаврило, Мартын). Все эти царевичи исчезли так же быстро, как появились. Но в северской земле явился наконец долгожданный Димитрий и, весной 1608 года, с польской вольницей и казаками двинулся на Москву. Дело его шло успешно. Ратные люди изменяли Шуйскому и бежали с поля битвы. Новый самозванец, в начале июля 1608 года, заложил свой табор в Тушине, от чего и получил у противников своих название Тушинского вора, оставшееся за ним в истории. Города и земли русские одни за другими признавали его. Полчище его увеличивалось с каждым часом.