В 1871 году я напечатал в „Вестнике Европы" три статьи. Первая из них — „История раскола у раскольников" — заключала разбор неизвестного в печати исторического сочинения Павла Любопытного. В этом разборе я избрал себе задачею объяснить культурное значение великорусского раскола в духовной жизни русского народа. Другая статья — „О личности Ивана Грозного" — написана по поводу речи К. Н. Бестужева-Рюмина, где почтенный петербургский профессор вознес царя Ивана до небес как великого человека. Тогда же напечатано было там же рассуждение „О личности Смутного времени". В этой статье я указывал на то неприятное обстоятельство, что многие важнейшие личности знаменитейшего периода нашей истории, как, например, Михаил Скопин-Шуйский, Минин и Пожарский, представляются с такими неясными чертами, которые не позволяют историку уразуметь и в точности очертить их характеры. Статья эта вооружила против меня Ивана Егоровича Забелина и дала повод на его возражение писать в опровержение новую статью в 1872 году. Г. Забелин сообщал такой взгляд, что в России главную роль играл народ всею своею массою, а не типичными личностями, и потому историку не нужно гоняться за отысканием заслуг отдельных исторических лиц.
…Впоследствии на меня начал за то же нападать в московских газетах и Погодин, но последний прямо хотел доказать, что личности, за которыми я признавал неясность по источникам, напротив, очень ясны, и при этом приводил разные летописные похвалы, желая показать, что это именно те черты, в которых я как бы преднамеренно не усматривал никаких характеров. Возражения Погодина отзывались устарелостью, так как при современном состоянии науки всякий занимающийся ею легко мог понять, что чертами характеров нельзя называть похвалы летописцев, расточаемые обыкновенно по общим, предвзятым для всех приемам. Известно, что летописец о редком старинном нашем князе не наговорит несколько лестных слов в похвалу его добродетелям, но приводит обыкновенно такие черты, которые не представляют ничего присущего отдельному лицу, независимо от нравов того времени. С половины 1871 года я принялся за большой труд — писать сочинение „Об историческом значении русского песенного народного творчества". Это было расширение того давнего моего сочинения, которое некогда служило мне магистерской диссертацией. В 1872 году я начал помещать его в московском журнале „Беседа", издаваемом Юрьевым, но печальная судьба этого журнала, присужденного по не зависящим от редакции причинам прекратить преждевременно свое существование, лишила меня возможности окончить печатание моего труда. Я успел выпустить в свет только черты древнейшей русской истории доказацкого периода южнорусской половины, насколько она выразилась в народной песенности…
В 1872 году, продолжая в „Беседе" печатание моего сочинения о русской песенности, я начал писать статью „Предания первоначальной русской летописи", стараясь доказывать, что на события русской истории, до сих пор считаемые фактически достоверными, надобно смотреть более как на выражение народной фантазии, облекшейся в представления о фактах, долго признаваемых на самом деле случившимися… Разные газетные нападки и всякого рода печатные и словесные клеветы мало меня раздражали и вообще почти не мешали ходу моих ученых и литературных занятий, но нервные боли, проявлявшиеся прежде, как и теперь, преимущественно головными и глазными страданиями, составляли для меня постоянное несчастие. Я чувствовал, что под гнетом этих болей мои умственные силы ослабевали, пропадала энергия, мучило невольное бездействие, а если брал над собою волю, то это стоило мне больших усилий и я сознавал, что физические страдания отпечатлевались на моих произведениях, а перо мое делалось вялым, — по крайней мере, как я чувствовал, лишено было той живости, какую имело бы при более нормальном состоянии моих телесных сил. Еще более наводила на меня страх и уныние грустная мысль, что в будущем я должен ожидать себе худшего состояния и быть лишенным зрения, а с ним и возможности заниматься наукою, тогда как занятие это стало для меня необходимым как воздух».
Страх перед возможностью ослепнуть мучил его с юности, но сейчас он был более чем оправдан. Ему бы в таком состоянии получить приветливые слова, нет! Даже вручение премии за «Последние годы Речи Посполитой» оказалось поводом для отчаяния и негодования: хотя немецкий профессор Герман посчитал этот труд достойным большой премии, Академия решила дать ему малую, отговорившись тем, что у Костомарова нет семьи, следовательно, ему хватит и этих средств. Костомаров очень обиделся, он Академии этого так и не простил: больше никогда, ни под каким видом он не желал давать работы на академический конкурс! Обиду он, так же как и ужасы казни, превозмогал работой над монографией о гетманстве Дорошенко.