Привычка отыскивать в рассуждении о прошедшем быте каких-нибудь отношений к настоящему или будущему заронилась в некоторой части читающего русского общества. Это было естественно при цензурной строгости, когда многие писатели поневоле принуждены бывали недосказывать своих мыслей, предоставляя читателям читать их у себя между строками. Эта привычка послужила против меня источником уже крайне смешных и нелепых догадок по поводу моей литовской системы происхождения Руси; она же действовала и по поводу мыслей о двух русских народностях. Впрочем, после выхода моей статьи в первое время не раздавалось крупных обвинений в „сепаратизмекоторыми так щедро награждали меня, после того как вспыхнуло польское восстание и русские стали горячо хвататься за идею своего национального единства. Многие часто не знали, что, говоря об Украине, повторяли сказанное их врагами-поляками по отношению к себе. Пока польское восстание не встревожило умов и сердец на Руси, идея двух русских народностей не представлялась в зловещем виде и самое стремление к развитию малорусского языка и литературы не только никого не пугало признаком разложения государства, но и самими великороссами принималось с братскою любовью. Притом же содержание моей статьи о двух русских народностях ясно отклоняло от меня всякое подозрение в замыслах „разложения отечества", так как у меня было сказано и доказываемо, что две русские народности дополняют одна другую, и их братское соединение спасительно и необходимо для них обеих. Достойно замечания, что через пятнадцать лет после того патриотический „Киевлянин", обличая меня в „украинофильстве", в виде нравоучения й в назидание своих читателей привел мою мысль (выдавая ее за собственную) о необходимости и пользе соединения двух русских народностей из моей же статьи „Две русские народности", и притом почти буквально в тех же выражениях, в каких эта мысль была высказана у меня».
Как видите, статьи Костомарова поневоле оказывались полемическими: он имел свой взгляд на историю и не желал писать так, как требовала современная ему политика. Такой же славой, что и «малороссийские» статьи, пользовались и лекции о древних русских республиках, а также «Очерк быта и нравов великорусского народа в XVI и XVII столетиях». Казалось, что после трудной молодости жизнь начинает налаживаться. Куда там!
Проблемы начались с достопамятной речи на университетском акте. Тема была уж безобиднейшая — «О значении в обработке русской истории трудов Константина Аксакова». К тому же это была речь в память недавно умершего Аксакова, так что полемических экивоков не предполагала. Однако накануне Костомарова попросили не читать эту речь, сославшись, что будут присутствовать старые архиереи, которым высидеть лишнее время в университетском зале затруднительно. Костомаров согласился прочесть речь на литературном вечере. Он деликатно ушел. Но студенты, которые видели в Костомарове борца с несправедливостью, возмутились, начались беспорядки. «Между тем тогда же до меня дошло, — рассказывал ученый, — что во многих высших кругах общества беспорядок, произведенный студентами на акте по поводу отмены чтения моей речи, возбудил неодобрительные толки, возымевшие влияние на правительственные лица, и что вследствие этого события правительство вознамерилось принять меры к обузданию своевольства студентов и учредить для хода университетских лекций более строгие правила. Через несколько времени произошло в Петербурге событие, подавшее больший повод к желанию обуздать студентов. В Варшаве происходили уличные беспорядки, последствием которых были выстрелы со стороны войска, положившие на месте пятерых поляков. В Петербурге поляки устроили по этому поводу в костеле Св. Екатерины на Невском проспекте панихиду по убиенным, которая должна была служить демонстрациею против мер правительства…» Костомаров посетил в этот день костел, в автобиографии он объяснял это тем, что обещали концерт из Моцарта и что он, увидев, что это совсем не концерт, тут же ушел. Но эти объяснения ему пришлось давать соответствующим органам. А 25 февраля скоропостижно скончался друг Костомарова Шевченко. Похороны тоже вылились в своего рода акцию протеста. Студенты несли гроб Шевченко от университета до Смоленского кладбища. Над телом его говорились речи на трех языках — русском, украинском и польском. Костомаров тоже сказал речь, он не мог ее не сказать. Речь была на украинском. Позже, на вечере памяти, устроенном в университете, он прочел статью «Воспоминание о двух малярах».