В разные дни под Новодевичьим монастырем повесили 195 человек прямо перед кельями царевны Софьи, а троим из них, висевшим под самыми окнами, дали в руки бумагу в виде челобитных.
Последние казни над стрельцами совершены были в феврале 1699 года. Тогда в Москве казнено было разными казнями 177 человек. Тела казненных лежали неприбранные до весны, и только тогда велено было зарыть их в ямы близ разных дорог в окрестностях столицы, а над их могилами велено было поставить каменные столпы с чугунными досками, на которых были написаны их вины; на столпах были спицы с воткнутыми головами. Софья по приказанию Петра была пострижена под именем Сусанны в том же Новодевичьем монастыре, в котором жила прежде». Она прожила под неусыпным контролем еще пять лет, а потом умерла.
При Петре самодержавие ужесточилось примерно до той же степени, что и при Иване Васильевиче Грозном. Все финансовые трудности, которые переживала страна, были переложены на народные плечи, неудивительно, что народ стал бежать из Центральной России на окраины — на Дон, на Донец, на Битюг, на Хопер. Бежавшие нарекали себя казаками и строили там свои городки.
«В 1707 году, — пишет Костомаров, — царь отправил на Дон полковника князя Юрия Долгорукого требовать, чтобы донские казаки выдали всех беглых, скрывавшихся на Дону; старшины показали вид покорности, но между простыми казаками поднялся сильный ропот, тем более когда в то же время объявлено было казакам приказание царя брить бороды. Донские казаки считали своею давнею привилегией давать убежище всем беглым. Когда полковник князь Долгорукий со своим отрядом и с пятью казаками, данными старшиною, отправился для отыскания беглых, атаман Кондратий Булавин, из Трехизбянской станицы на Донце, напал на него 9 октября 1707 года на реке Айдаре, в Ульгинском городке, убил его, перебил всех людей и начал возмущать донецкие городки, населенные беглыми. В этих городках встречали его с хлебом и медом. Булавин составил план взбунтовать все украинные городки, произвести мятеж в донском казачестве, потом взять Азов и Таганрог, освободить всех каторжных и ссыльных и, усиливши ими свое казацкое войско, идти на Воронеж, а потом и на самую Москву. Но прежде чем Булавин успел возмутить городки придонецкого края, донской атаман Лукьян Максимов быстро пошел на Булавина, разбил и прогнал, а взятых в плен его сотоварищей перевешал за ноги.
Булавин бежал в Запорожье, провел там зиму, весною явился опять в верхних казачьих городках с толпою удалых и начал рассылать грамоты; в них он рассказывал, будто Долгорукий, им убитый, производил со своими людьми в казачьих городках разные неистовства: вешал по деревьям младенцев, кнутом бил взрослых, резал им носы и уши, выжег часовни со святынею. Булавин в своих воззваниях убеждал и начальных лиц, и простых посадских, и черных людей стать единодушно за святую веру и друг за друга против князей, бояр, прибыльщиков и немцев. Он давал повеление выпускать всех заключенных из тюрем и грозил смертною казнью всякому, кто будет обижать или бить своего брата. Донской атаман Максимов пошел на него снова, но значительная часть его казаков перешла к Булавину. В руки воровского атамана досталось 8000 р. денег, присланных из Москвы казакам. Сам Максимов едва бежал в Черкассы.
Эта победа подняла значение Булавина. За нею поднялись двенадцать городков на Северном Донце, двадцать шесть — на Хопре, шестнадцать — на Бузулуке, четырнадцать — на Медведице. Восстание отозвалось даже в окрестностях Тамбова: и там в селах крестьяне волновались и самовольно учреждали у себя казацкое устройство». Это восстание так и вошло в историю под именем Кондратия Булавина. «Ведаете сами, молодцы, — писал Булавин, — как деды ваши и отцы положили и в чем вы породились; прежде сего старое поле крепко было и держалось, а ныне те злые люди старое поле перевели, ни во что почли, и чтоб вам старое поле не истерять, а мне, Булавину, запорожские казаки слово дали, и белогородская орда и иные орды, чтоб быть с вами заодно. А буде кто или которая станица тому войсковому письму будут противны, пополам верстаться не станут, или кто в десятки не поверстается, и тому казаку будет смертная казнь». На сторону атамана переходили целые казачьи «орды» (по его выражению). Булавину удалось взять царский Черкасск, а потом он даже написал турецкому султану, что Москва собирается на него войной. Петр был разгневан необычайно, он послал войска против казаков и в конце концов переманил на свою сторону донских атаманов.
Когда Булавин понял, что дело плохо, он не дался в плен и успел застрелиться. Все восставшие казачьи городки бились до последнего: они прекрасно знали, что от Петра, так же как и от Ивана Васильевича, пощады ждать не стоит. Восстание подавили. Долго еще по Дону плыли виселицы на плотах (так распорядился для острастки упорных князь Долгорукий) с телами повешенных. Было несколько сотен таких плотов с виселицами…