Поражение не означало для Польши окончания военных действий. Польские политики во Франции прилагали определенные усилия, чтобы восстановить и легализовать высшую государственную власть. При поддержке Франции правительство возглавили представители оппозиции, так как «санацию» обвинили в бездарности и возложили на нее ответственность за поражение. Преемником интернированного Мостицкого был назначен один из политиков режима «санации» — Владислав Рачкевич, но главную роль играл генерал Владислав Сикорский — с 30 сентября в качестве премьера, а затем и главнокомандующего. Во Франции спешно создавались польские войсковые части. В самой стране формировалось движение Сопротивления. Вначале оно объединилось в созданной еще 27 сентября военной организации «Служба победе Польши» (Sluzba Zwyciestwu Polski),{145} а через несколько месяцев начал свою деятельность созданный по приказу Сикорского Союз вооруженной борьбы (Zwiazek Walki Zbrojnej).{146}
Германию расценивали как военного противника Польши, но неясно было, как расценивать СССР. Политика обоих захватчиков во многом была схожей. Согласно подписанному между СССР и Германией 28 сентября 1939 г. договору о дружбе и границах, они окончательно поделили «сферы влияния», а также обязались противодействовать «польской агитации». Граница прошла по Сану и Бугу, а далее, на севере, оставляла Белосток за Советским Союзом. Германия присоединила часть польских земель к рейху, а из остальных создала генерал-губернаторство. СССР передал Вильно Литве, а в других областях 22 октября 1939 г. был проведен так называемый «референдум». В обстановке террора население высказалось за присоединение к Советскому Союзу. Когда в июне 1940 г. Литва была включена в состав СССР, та же судьба постигла и Виленскую область. В 1941 г., с началом германо-советской войны, Германия заняла всю территорию Польши в ее границах на сентябрь 1939 г. Восточная Галиция была присоединена к генерал-губернаторству, в других восточных землях была создана особая оккупационная администрация, которая также охватывала Украину, Белоруссию и Литву.
В первые годы войны репрессии были направлены против всех активных и сознательных элементов. С земель, присоединенных к рейху, немцы выселяли всю польскую интеллигенцию, причем часть ее уничтожалась на месте либо отправлялась в концлагеря. В ноябре 1939 г. в лагерях оказалось большое число ученых из краковских высших учебных заведений. В середине 1940 г. в генерал-губернаторстве проводилась «чрезвычайная акция умиротворения» — так называемая «акция АБ», унесшая жизни нескольких тысяч человек. Тогда же был создан концлагерь в Освенциме. В зоне советской оккупации наиболее трагичной оказалась судьба взятых в плен польских офицеров, в том числе резервистов из интеллигенции. Некоторых из них вместе с полицейскими расстреливали на месте, но большая часть была уничтожена в 1940 г. в Катыни и в ряде других мест. Сотни тысяч людей были вывезены на восток, частично в лагеря, где основная их часть погибла, частично на поселение (особенно много в Среднюю Азию), где смертность была высокой из-за голода, холода и болезней. Среди высланных в Россию преобладали представители интеллигенции из разных сфер профессиональной деятельности: политической, образовательной, общественной, культурной, экономической и государственно-административной. В целом репрессии затронули представителей всех слоев общества и создали атмосферу всеобщего страха.
В 1941 г. еще остававшихся в живых польских узников в СССР освободили, не признавая, однако, за ними гражданских прав. В это время все польские земли оказались под властью гитлеровской Германии, проводившей широкомасштабные репрессии. Трагические последствия они приобрели в отношении евреев, которых сначала согнали в гетто, где они тысячами гибли от голода и болезней. С 1941 г. осуществлялось так называемое «окончательное решение еврейского вопроса», начавшееся массовым уничтожением евреев в западных областях Советского Союза, оккупированных немцами. В 1942 г. немцы создали в Польше лагеря смерти с газовыми камерами, в частности в Треблинке, Майданеке и Белжеце, куда свозили евреев из всех областей Польши и из других стран Европы. Число погибших польских евреев точно неизвестно, но из 3,5 млн. человек выжило не более 10 %. Среди них было много поляков еврейского происхождения, которые занимали видное место в польской общественной, а особенно культурной, научной и экономической жизни.