Но самым характерным в его докладах являются его сообщения о роли Гершуни. Отрицать причастность последнего к Боевой Организации теперь стало невозможным: об этом знали слишком многие. Азеф теперь ее и не отрицает, но он настойчиво стремится убедить Департамент, что роль Гершуни в терроре только вспомогательная: он собирает деньги, вербует молодых террористов и пр. Главными же руководителями всех террористических предприятий, по его утверждениям, являются какие то неизвестные ему нелегальные революционеры. Причины такого поведения ясны: Азеф хотел, продолжая беречь Гершуни, как главную свою опору в партии, предавать второстепенных работников Боевой Организации, изображая их перед Департаментом за главных ее руководителей.
Департамент согласился с доводами Азефа о необходимости личного свидания, и в июле 1902 r. Азеф приехал в Петербург. Там в это время произошли большие перемены в руководящем составе Департамента Полиции. Только что назначенный директором Департамента Лопухин при полном одобрении Плеве привлек к руководству делом политического розыска Зубатова и всех его ближайших помощников. Решено было все внимание направить на усиленное развитие секретной агентуры. Азеф, который имел возможность подойти к самому центру Боевой Организации, был желанным гостем. Все его сомнения были рассеяны. Вопрос о нем был доложен самому Плеве, и последний прямо потребовал, чтобы Азеф, совершенно не считаясь ни с какими правилами, существовавшими в Департаменте для секретных агентов, постарался войти в партийный центр и в Боевую Организацию (Департамент Полиции во всех официальных заявлениях позднее настаивал, что ему совершенно не было известно о причастности Азефа в тот период к Боевой Организации. Между тем в секретной справке, составленной Департаментом в феврале 1909 г., совершенно определенно говорится: «по требованию Плеве и руководивших в Департаменте Азефом лиц, он вошел в центральную организацию и в боевую группу». Эта справка была сохранена Департаментом в строжайшем секрете. В 1917 г. следователь Чрезвычайной Следственной Комиссии Кореньев задал вопрос относительно этого места «справки» одному из лиц, причастных к составление» последней, — а именно Климовичу. Последний ответил; «я не могу точно указать, откуда именно почерпнуты включенные в справку сведения о требованиях, предъявленных покойным министром Плеве о том, чтобы агентура Департамента проникла и в боевую группу социалистов-революционеров. Полагаю, что это могло быть включено в справку со слов старослужащих Особого Отдела, — в частности Пешкова, которому были известны требования Плеве».).
Боевая Организация уже в этот период была учреждением, в организационном отношении вполне автономным. Ее единоличным руководителем был Гершуни, который в меру необходимости приискивал и привлекал к той или иной работе помощников. Методы его работы были элементарно просты. Во время своих разъездов по России, которые он совершал по общепартийным делам, он специальное внимание уделял вербовке людей, которые хотели и, по его мнению, могли принять участие в террористической борьбе. Их он так сказать «брал на учет», — иногда оставляя на старых местах, иногда заставляя отойти от общепартийной работы, а порою и убеждая выехать для большей безопасности заграницу. Ближе всего к работе Боевой Организации в то время стояли П. П. Крафт и M. M. Мельников. Доверенным лицом заграницей был M. Р. Гоц.
В полном соответствии с этой организационной слабостью Боевой Организации, все ее выступления носили характер «коротких ударов». Никакой сложной подготовки не велось. Террорист действовал револьвером. В покушении очень многое зависело от импровизации, — блестящий талант которой был присущ Гершуни в полной мере. Зубатов впоследствии совершенно правильно говорил о нем, что он был «художником в деле террора» и часто действовал без предварительно разработанного плана, «по вдохновению».
Такова была действительная роль Гершуни в Боевой Организации, — и о ней Азеф, конечно, был превосходно осведомлен. Но Департаменту он изобразил дело в совершенно ином виде, выдав Мельникова и Крафта за наиболее опасных террористов, а Гершуни за их помощника. Соответственно с этим основное внимание Департамента было сконцентрировано на выяснении личностей и поимке именно Мельникова и Крафта.