17 апреля, ровно через неделю после полета Гагарина, второе основное препятствие сыграет решающую роль, подтолкнув Кеннеди к окончательному решению взять на себя обязательство высадить американцев на Луну. В тот день группа кубинских беженцев с боем высадилась на берег острова в Карибском бассейне в районе бухты Пигз. Их поддерживали американцы, и это была попытка вызвать народное восстание против коммунистического лидера Фиделя Кастро. Так как участники акции отказались от обещанной американской поддержки с воздуха и не получили достаточной поддержки со стороны кубинского народа, эта попытка была с самого начала обречена на провал. То, что Соединенные Штаты оказывали поддержку этому вторжению, ставило Кеннеди и его администрацию в затруднительное положение и испортило отношение США с другими странами. Хотя попытка ниспровержения правительства открыто не упоминалась как причина окончательного утверждения проекта «Аполлон», Кеннеди определенно искал новую инициативу, которая помогла бы восстановить подорванный престиж страны.
Через несколько дней после встречи в его кабинете Кеннеди попросил у вице-президента Джонсона совета относительно последующих шагов американской космической программы. Джонсон возглавлял Национальный совет по аэронавтике и исследованию космического пространства, организации, первоначально созданной по законодательной инициативе НАСА. Совет действовал как часть канцелярии президента, и его членами были, помимо вице-президента, министр иностранных дел, министр обороны и руководитель НАСА. Джонсон предложил Совету рассмотреть вопрос и рекомендовал космическую программу, которую бы поддержали Конгресс и общественность.
Хотя Джонсон ранее, до запуска первого спутника, не проявлял интереса к исследованию космоса, он быстро взялся за эту проблему. Три месяца спустя он сказал в своей речи, что контроль над космическим пространством означает контроль над всем миром и что такой контроль — лишь предельное проявление всеобщего контроля над Землей. После того как Джонсон стал вице-президентом, он оставался неизменным сторонником космических исследований и крупных ассигнований, необходимых для их проведения.
На следующий день, 20 апреля 1961 года, Кеннеди послал Джонсону меморандум с вопросом: «Есть ли у нас хоть какая-то возможность победить русских? Что надо сделать, чтобы обогнать русских, — послать в космос лабораторию, облететь Луну, отправить ракету на Луну или долететь на пилотируемой ракете до Луны и вернуться обратно на Землю? Существует ли какая-нибудь другая космическая программа, которая обещает дать впечатляющие результаты и участвуя в которой мы можем победить русских?»
Воодушевившись неотложностью задачи, Кеннеди потребовал от Совета по космосу в кратчайшие сороки представить ему доклад. В ожидании ответа Кеннеди сделал публичное заявление, которое ясно отражало его мысли в то время. «Если мы можем попасть на Луну раньше русских — значит, мы должны это сделать», — заявил он на конференции, состоявшейся 21 апреля. Он также упомянул свою просьбу Джонсону проанализировать возможности США относительно космоса. В дальнейшем президент ничего больше не говорил на публике о будущем полете американцев на Луну, пока пять недель спустя не объявил о проекте «Аполлон».
Когда Совет по космосу начал рассматривать имеющиеся возможности, он проанализировал первоначальный проект НАСА подготовить к 1966–1968 годам пилотируемый полет вокруг Луны и высадку людей на Луну где-то после 1970 года. Обе цели были включены в план НАСА, рассчитанный на 10 лет, и разработаны по заданию Конгресса. Эйзенхауэр, который всегда неоднозначно относился к выделению огромных сумм денег на, по его мнению, бессмысленную космическую гонку с Советским Союзом, отказался подписать то, что он считал слишком дорогостоящим и требующим больших затрат, — план отправки человека на Луну. Как-то он высказался, что у него нет намерения закладывать фамильные драгоценности, чтобы финансировать американский пилотируемый полет на Луну, как это сделала королева Изабелла, снаряжая Колумба в Новый Свет. Несмотря на мнение президента, НАСА под руководством Гленнана продолжало разрабатывать планы пилотируемой космической программы. В июле 1960 года 1300 представителей правительственных и научных учреждений, а также представителей аэрокосмической промышленности участвовали в организованной НАСА конференции, состоявшейся в Вашингтоне, чтобы обсудить современные программы пилотируемых космических полетов, включая полеты вокруг Луны и полет с высадкой человека на лунную поверхность. В тот же месяц новейшая программа пилотируемых полетов получила название «Аполлон». И опять подготовительная работа, проделанная предыдущей администрацией, обеспечила мощную базу для расширения НАСА в начале 60-х годов.