Итак, дела, которые действительно удавались Улугбеку, к войне не имели ни малейшего отношения. Правитель Самарканда был ученым. Кроме медресе он возвел в Самарканде обсерваторию, устроенную по последнему слову тогдашней науки.
„Об устройстве обсерватории Улугбека, — писал Бартольд, — остатки которой в 1908 г. были открыты В. Л. Вяткиным, источники (Абд ар-Раззак и Бабур, отчасти также комментаторы сочинений Улугбека) сообщают крайне скудные сведения; раскопки площади здания также не дали в этом отношении почти никаких результатов. Найдена находившаяся под землей часть квадранта [60] огромной величины; по письменным известиям, высота квадранта равнялась высоте храма Св. Софии в Константинополе. Все здание, по словам Бабура, было трехэтажным. Абд ар-Раззак говорит об изображении девяти небес, девяти небесных сфер с градусами, минутами, секундами и десятыми долями секунд, небес вращения, семи планет, неподвижных звезд, земного шара с делением на климаты, с горами, морями, пустынями и т. п. Слова заставляют полагать, что речь идет о стенной живописи, а не об отдельных глобусах (каковые были в некоторых других обсерваториях, например в мерагской) и картах“.
Расцвет культуры и науки при Улугбеке в то же время соседствовал с ухудшением положения в стране. Это было характерно не только для земель Самарканда, где мир и красоту можно было ощущать лишь во дворце Улугбека. Огромная империя Тимура после смерти Шахруха стала стремительно разваливаться: Западный Иран и Фарс взял Мухаммед-султан, Гурган и Астрабад — Абу-л-Касим. Бабур, Хорасан и Герат — Алауддоулэ; земли по обоим берегам Амударьи — Балх, Хутгалан, Кудуз, Баглан, Арханга, Сали Сарай, Андхуд, Шибирган, Меймене, Фараб — сын Улугбека, главнокомандующий войском Шархруха, Абдуллатиф, Иран и Азербайджан вернул себе Джехан-шах из династии Кара-Куюнкулу. Улугбеку удалось с трудом отобрать у Алаудцоулэ присвоенные им территории, но настроения в стране были таковы, что Улугбеку пришлось оставить Хорасан и вернуться в Самарканд.
Выехал он с казной, саркофагом отца и прочими богатствами, но в дороге был разбит и ограблен сначала мятежным эмиром Хиндуком, затем кочевыми узбеками. Хорасан был потерян, и Улугбек думал вернуться туда весной, с новыми силами. Но этому уже было не суждено свершиться. Против Улугбека выступил его собственный сын Абдуллатиф. Он в отличие от отца не был ученым, его не привлекал вид звездного неба, но он очень хорошо знал свое дело — войну. Абдуллатиф, может быть, и не выступил бы против своего отца, если бы тот не решил „поставить“ сына на место.
Оказалось, однако, что сделать это не просто. Абдуллатиф был хорошим воином. Его войско разгромило отряды Улугбека, а самого Улугбека взяло в плен. Над Улугбеком был устроен суд по всем правилам шариата, суд приговорил (по показанию некоего свидетеля, требующего мщения за убитого Улугбеком отца) лишить бывшего правителя жизни. Суд был тайной для самого Улугбека. Абдуллатиф обещал сверженному отцу путешествие в Мекку. Но Мекка, о которой говорил Абдуллатиф, была несколько заоблачного свойства.
Как говорит Бартольд: