То есть верховная власть осталась в руках Халиль Султана. Шахруху удалось казнить Султан Хусейна, но Улугбек оказался бессилен против Халиль Султана. У него было слишком мало войска, к тому же причин заключить мир оказалось больше, чем продолжать войну: у Халиль Султана была казна Улугбека, жены Улугбека, отец с войском был далеко, союзник Пирмухаммед тоже далеко (в Балхе).
Но и Халиль Султан не хотел войны: войско тоже было слабым, он оказался вдали от своих владений, кроме Улугбека на него в любой момент мог напасть Худайдада, любой просчет — и будет потеряна высшая власть. Мир заключили. Но продлился он совсем недолго: стоило Халиль Султану отойти, как из Балха на него двинулся опоздавший Пирмухаммед. Улугбек тут же присоединил к нему свое войско, и вместе они пошли на Самарканд. Шахрух же — не пошел.
Ему требовалась отсрочка. В его землях шли восстания. Первым, еще ранее, поднял восстание Сулейман-шах. Восставшие были очень недовольны убийством Султан Хусейна и тем, что голову, набитую травами, отправили Пирмухаммеду, а другие части тела выставляли на гератских базарах. Сулейман-шах был племянником Тимура, то есть тоже родственником, он считал, что искавшего защиты и спасения никак нельзя было предавать казни. Недовольных было немало. Так что Шахрух занимался решением собственных дел. С Сулейманом-шахом бороться пришлось долго.
В конце концов, Сулейман-шах бежал к Хал шло, и тот, несмотря на то, что недавно Сулейман предоставлял убежище его врагу, его принял, обласкал и доверил передовой отряд. У Халился тоже были проблемы: Худайдада занял Ташкент и наладил отношения с монголами. Самарканд оказался под угрозой: с севера и востока на него собирались идти войска Моголистана и Худайдады, с запада и юга — войска Пирмухаммеда и выделенного в помощь Улугбека.
Последнее волновало Халиль Султана больше: для отражения нового удара он отправил навстречу «шахрухов-цам» Сулейман-шаха. И тот доверие оправдал: в битве при Аму-Дарье он разбил это войско. Снова начались переговоры и все с теми же условиями: Халиль обещал казну и женщин. Но в ответ Улугбек соединился с войском Пирмухаммеда, нарушив соглашение. Так что казну Халиль присылать не стал, но молодую жену Улугбека вернул. Между тем союзники ожидали подхода сил Шахруха. Халиль султан понимал, что такое соединение даст значительный численный перевес. Он успел подойти к противнику раньше, чем войска соединились. Неожиданный удар и измена в стане Пирмухаммеда решили дело. Пирмухаммед бежал в Балх, а Улугбек — в Хорасан.
Но Шахрух и теперь не выступил. Он болезненно отреагировал на разгром своих союзников, но биться с Халиль Султаном не собирался. Почему? Он выжидал. Чего? Это могло быть только сообщение из самого Самарканда, что там появились внутренние враги Халиль Султана. Еще бы! Ведь Шахрух лично послал в этот Самарканд своих доверенных людей. Шейх Нураддин взялся даже «помочь» Халиль Султану подавить восстание Худайдады, но вместо этого захватил Отрар и поддерживал с Худайдадой связь, натравливая его на Халиля. Да и в городе образовалась «пятая колонна».
Шахрух ожидал сообщения не напрасно: таковое пришло. Эмиры Аллахдад и Аргун-шах обещали выступить против Халиль Султана, если Шахрух пойдет на соединение с ними. Вот тогда и только тогда Шахрух двинулся. Он послал Шахмелика связаться с Пирмухаммедом, но… Но тут в одночасье в его собственных владениях сложилась такая обстановка, что стало не до Самарканда: в Герате поднял восстание визирь[51] Са’ид-ходжа. Последний собирался посадить в Герате своего ставленника — Искандера, который пребывал в Исфахане. Войско Улугбека было отправлено на борьбу с этой заразой.
После подавления восстания Улугбек был назначен управляющим областями среднего и северного Хорасана. Только разобрались с везирем, началось восстание сына Мираншаха мирзы Умара, явившегося в земли Хорасана из Мазенадарана, Улугбеку удалось с ним справиться, и он получил управление и над Мазенадараном. За этим восстанием последовало новое, теперь его поднял Пир-падишах, правитель одной из областей Мазенадарана. Самарканд в это время был больше занят решением северного вопроса: его земле угрожали из Моголистана и Хорезма. Золотоордынские войска доходили до самой Бухары. Халиль Султану удавалось бить Худайдаду и хорезмийских джучидов, но те пользовались «запрещенными» приемами, и в ночной битве при Шарапхане Халиль Султан понес такие потери, что вынужден был даже вернуться в Самарканд. Правда, скоро Худайбада пошел на сепаратное соглашение, что, впрочем, ему не мешало поддерживать связь с джучидами и с Шахрухом.
22 февраля 1407 года совсем неожиданно союзник Шахруха Пирмухаммед был убит. Теперь уже и речи не шло о возвращении престола законному наследнику. Знамя, которым пользовался Шахрух, было уничтожено. Может, по этой причине между Шахрухом и Халиль Султаном начались новые мирные переговоры. На этот раз вполне успешные. Халиль вернулся в Самарканд, Шахрух — в Герат.