Сами конструкторы получили от военной авиации заказ на усовершенствованный вариант их самолёта PON-1A с более мощным мотором водяного охлаждения «Джипси Мажор Мк.1» для замены устаревших учебных самолётов «Авро-504». Первый экземпляр успешно прошел испытания, но полностью устаревшую авиатехнику не заменил, поскольку таллиннский авиаремонтный завод сумел построить в 1935 г. только четыре экземпляра, получивших в военной авиации бортовые номера от 154 до 157. Самолёт получился довольно удачным, так что соседняя Латвия даже приобрела лицензию на его производство под обозначением LK0D-1. Затем латыши разработали на его базе усовершенствованный LK0D-2, но ни тот, ни другой варианты так и не были построены.
Покупка в 1938 г. для аэроклуба английского учебного моноплана «Майлз Мэжистер» (эстонский борт. № 159) подстегнула конструкторскую мысль инженерной троицы, предложившей военным создать аналогичный самолёт собственного производства. К этому времени конструктор Нейдорф, немец по национальности и подданный Германии, сменил гражданство на эстонское, а фамилию на Тоома. В результате новое детище коллективного творчества получило обозначение РТО-4. Этих монопланов в 1939–1940 гг. было построено пять штук: три для авиационного клуба (коды ES-A1N, ES-ENN и ES-EPP) и два для военной авиации (бортовые № 161 и № 162). Первые четыре имели открытые кабины, а на 162- м её закрыли лёгким фонарём — в основном для обучения слепым полётам. Потом теми же конструкторами по заказу военных был построен аналогичный самолёт PN-3, также с закрытой кабиной и более мощным мотором «Роллс-Ройс Кестрел-II». Он предназначался специально для переучивания эстонских лётчиков на «Спитфайры». В январе 1939 г. его облетали и вскоре машина получила ортовой № 160. Но на этом история собственного самолётостроения в Эстонии закончилась, и непохоже, чтобы в наше время она могла хоть как-то продолжиться…
С момента ввода советских войск спокойный период для эстонских военных закончился. Кроме наземных войск в Эстонию были переброшены из СССР четыре авиационных полка: 25-й и 38-й истребительные, 35-й и 44-й скоростные бомбардировочные. С началом советско-финляндского конфликта бомбардировщики СБ из состава обоих СБАПов начали активно участвовать в боевых действиях; к ним привлекались и корабли советского Балтийского флота, базировавшиеся в эстонских портах. Сказать, что такое невольное соучастие в войне против дружественной Финляндии просто не нравилось эстонцам, значит ничего не сказать. Соответственно практически всё эстонское военное командование стремилось предоставить финнам всю возможную информацию о частях РККА на территории своей страны. Кроме финской агентуры в Эстонии в это время активно работал германский абвер, а также разведслужбы Англии и Франции, практически открыто поддерживавших Финляндию в войне с СССР. В начале 1940 г. в Финляндию практически открыто отправились около двухсот добровольцев (это были, видимо, сливки из общего числа горячих эстонских парней), в основном из числа военнослужащих, решивших лично повоевать с большевиками.
Командование Красной Армии всячески старалось пресекать деятельность вражеской агентуры и постоянно «накачивало» расквартированные в Эстонии части на предмет повышения бдительности. В результате 2 февраля 1940 с советских кораблей, базировавшихся в Таллинской бухте, открыли огонь по пролетавшему вблизи эстонскому военному самолёту — это был то ли «Харт», то ли «Поте». Эстонские представители заявили, что «самолёт летел в пределах установленного соглашениями воздушного коридора», а советская сторона утверждала, что полёты над портом этим соглашениям несомненно противоречат.