Уже в начале 1940 г. опытный аппарат доставили в Пенемюнде, на аэродром Карсхаген, где незадолго до этого закончилась организация центра испытаний пилотируемых реактивных летательных аппаратов. Первоначальный цикл испытаний состоял из серии полётов на буксире за Bf110 с баками, залитыми водой, что позволяло имитировать полную загрузку самолёта. Лётчиком-испытателем новой машины был назначен Хайни Диттмар, являвшийся чемпионом мира 1937 г. по планерному спорту. Весной было решено перейти к испытанию силовой установки в полёте. Запас топлива в баках обеспечивал работу двигателя в течение всего 150 секунд, а надёжность работы силовой установки была откровенно невысокой. Как бы там ни было, но, несмотря на очевидные проблемы с двигателем, а также небольшую продолжительность полета в целом, результаты испытаний оказались весьма ободряющими. Скороподъемность нового летательного аппарата была отличной, а максимальная скорость, достигнутая в нескольких полётах, колебалась в диапазоне 547–550 км/ч, что было всего на 10–15 км/ч меньше, чем у «короля воздуха» Люфтваффе одномоторного поршневого истребителя Bf109E-3, блестяще доказавшего своё превосходство в ходе весенне-летней кампании 1940 г. во Франции и странах Бенилюкса.
Но вернёмся немного назад. Необходимо отметить, что зимой 1939–1940 гг. интерес RLM к реактивным истребителям заметно снизился. Причины были очевидны. В Польше и в ходе так называемой «странной войны» на Западном фронте истребители Bf109E и Bf11 °C быстро продемонстрировали своё превосходство над западными машинами. Нелишне будет заметить, что слово «мессер»
Понятно, что удовлетворённое результатами применения своих «ножей» Министерство авиации Рейха весьма прохладно смотрело на необходимость финансирования дальнейших разработок летательных аппаратов, реализующих принципиально новые способы движения. К тому же, в это же время на финишную прямую выходила программа создания нового истребителя FW190, который был лишён недостатков, свойственных Bf109E, развивал более высокую скорость, имел лучшую управляемость и нёс более мощное вооружение. В то же время разработка турбореактивного двигателя BMW003 тягой 600 кг, получение опытных образцов которых ожидалось в декабре 1939 г., утонула в ворохе проблем. Вскоре выяснилось, что размеры мотора будут заметно больше первоначально объявленных, а это сразу же заставило сотрудников КБ Вилли Мессершмитта приступить к переработке «проекта 1065», впоследствии превратившегося в знаменитый Ме262. Но это будет значительно позже, а пока же в Управлении технического снабжения Министерства авиации отношение к реактивной технике явно менялось не в лучшую сторону.
Проходившие на таком фоне испытания DFS194 смогли в значительной мере сломить скептицизм чиновников, выдавших заказ конструкторскому бюро Вальтера на новый двигатель HWK R II-203B с тягой 750 кг и разработку ещё одного ЖРД вдвое большей мощности, оснащённого устройством регулирования тяги. Последний вариант силовой установки Липпиш предполагал разместить уже на серийном перехватчике, несколько опытных вариантов которого начали строить в цехе, где к этому времени были завершены работы очередного этапа модернизации тяжёлого истребителя Bf110.
Надо заметить, что когда уже после войны в 60-е годы начали появляться первые публикации о Ме163, авторы которых подвергли разгромной критике конструкцию перехватчика, это весьма удивило Александра Липпиша. Отвечая на наукообразную критику в ходе одной из конференций историков и участников событий 30 — 40-х годов, он, уже будучи профессором, заявил дилетантам-борзописцам, что «в момент начала разработки Ме163 мы даже подумать не могли о том, что эта машина будет использоваться в роли боевого самолёта. На том этапе проводившихся работ нашей задачей было исследование области высоких дозвуковых скоростей, соответствовавших числу М=0,8–0,9, а также выбора наиболее оптимальных профилей крыла. В сущности, Ме163 был очередным опытным самолётом и именно поэтому он не имел шасси в общепринятом смысле этого слова, а небольшая ёмкость его топливных баков обеспечивала полёты только вблизи аэродрома…»