На александрийскую алхимию не могла не оказать влияние древнегреческая культура, в особенности — философия. Алхимия, распространившаяся из эллинизированного Египта по всей Европе, зародилась в результате смешения нескольких философских теорий: Эмпедокла о четырех элементах, Гераклита о центральной роли огня в преобразовании материи, и многочисленных достижений других философов, в особенности — Пифагора, Платона и Аристотеля. Все они вступили во взаимодействие с развитыми древнеегипетскими лабораторными практиками.
Древнегреческий философ Фалес из Милета, основавший милетскую школу, положил начало учению о стихиях: он рассматривал воду как основу всего сущего, первоматерию. Вслед за ним свое понимание стихий развивали Анаксимен, отдававший первенство среди стихий воздуху, и Гераклит, считавший огонь главным из четырех элементов. Для его концепции все они, впрочем, были одинаково важны: «смерть земли стать водою, смерть воды стать воздухом, воздуха — огнем, и обратно».
Кульминацией учений о стихиях стала философия Эмпедокла. В V в. до н. э. этот философ создал теорию о четырех первоэлементах. Огонь, вода, земля и воздух, согласно философу — четыре раздельных стихии, каждая из которых не может превратиться в другую. Все земные металлы были созданы из проявлений четырех элементов в различных комбинациях — следовательно, трансмутация металла была возможна при изменении пропорции стихий. Эмпедокл связывал свои четыре элемента с богами — Нестидой (сицилийская богиня воды), Аидом (подземным богом), Зевсом (верховным огненным богом) и его супругой Герой (повелительницей воздуха). Стихий было именно четыре, так как на теорию Эмпедокла повлияло пифагорейское понятие
Пифагор оказал решающее влияние на возникновение алхимии. Его прямое воздействие на златоделов Александрии можно увидеть, например, в одном анонимном трактате, где четыре элемента, необходимых для составления «мистического яйца» (т. е. философского камня) сравниваются с четырьмя тонами
Алхимия так часто обращалась к музыкальной теории, поскольку обеими науками часто занимались именно последователи Пифагора. Музыкальная алхимия и даже музыкальная магия были среди них достаточно распространены. Так, в ряде греческих магических папирусов или на папирусных амулетах ученые находят заклинания, содержащие группы букв, обозначающие семь греческих гласных: α, ε, η, ι, ο, υ, ω (a, э, е, и, о, у, о). Иногда они образуют практически невыговариваемые палиндромы: ιαωαωιωιααιωιωαωαι (иаоаоиоиааиоиоаоаи). Что же значили эти таинственные заклинания?
Семь греческих букв, обозначающие гласные, были связаны с мистико-религиозной пифагорейской теорией о гармонии сфер, несущих на себе планеты. Буквы символизировали семь нот, которые издавали при круговращении по небосводу семь планет. Однако человеку не было дано услышать небесную гармонию, составленную из планетарных нот (хотя, пифагорейцы считали, что их учитель был на это способен, а Кеплер в XVII в. утверждал, что гармонию сфер человек может услышать после смерти).
Буквы и их последовательности служили символами небесной музыки: каждая планета соответствовала определенной ноте, а та, в свою очередь — одной из семи гласных древнегреческого языка. Соблазнительно трактовать найденные заклинания как имитацию божественной музыки: известно, что в восточных мистериях ряды гласных могли произносить, чтобы усиливать заклинания. Впрочем, гностики так не делали: в других текстах они определенно указывают, что гласные нужно было произносить мысленно, да и современные исследования показывают, что никакой мелодии из этих сочетаний нот не получилось бы. Разгадка состоит в том, что в древней Греции не было цифр, вместо них использовались буквы, поэтому каждая гласная — это еще и число. Гласные не были земным отражением небесных звуков, они были числами, через мысленное созерцание которых суть божества являлась жрецам. Для Пифагора эта идея была особенно важна: по легенде, именно он понял, что даже сами ноты представляют собой численные отношения: квинту, кварту, октаву и т. д.