Опираясь на традицию александрийских алхимиков, Джабир преобразовал учение Эмпедокла о четырех телах и аристотелевское учение о четырех качествах. Так арабский алхимик создал ртутно-серную теорию, согласно которой в природе существуют два первопринципа. Это не настоящие ртуть и сера, а «философские», идеальные субстанции. Смешиваясь в разных пропорциях, в разной степени очищенности и под воздействием различных планет они породили все существующие металлы, самый совершенный из коих – золото. Сера отвечала за сухость и жар, а ртуть – за холод и влажность; все металлы были связаны с планетами, т. к. считалось, что в незапамятные времена астрологическое влияние каждой планеты послужило причиной созревания в земных недрах того или иного металла из первоматерии. Раз металлы, согласно этой теории, являются одним и тем же видом вещества, Джабир говорил, что алхимик может превращать один в другой, подражая природе. Благодаря этой теории и склонности алхимика подтверждать гипотезы подробно описываемыми химическими экспериментами, в арабском мире было совершено множество научных прорывов. До XVI в. на ртутно-серную теорию опиралась вся западная алхимия. Помимо того, что Джабир совершил переворот в лабораторной практике, он также ввел понятие металлоорганических снадобий, навсегда закрепив за алхимией медицинские функции: отныне эликсиры могли не только превращать свинец в золото, но и давать здоровье и долголетие.