Чтобы положить этому конец, папы Святой Павел I (? – 767 г., папа римский с 757 г.) и Святой Пасхалий I (? – 824 г., папа римский с 817 г.) на протяжении длительного времени занимались перенесением останков римлян из катакомб на кладбища при церквях в черте города.
Поток паломников в катакомбы постепенно иссяк, дороги, ведущие в подземелья, заросли травой, входы обвалились и были потеряны. Вплоть до XV в. никто не интересовался катакомбами. Только катакомбы Святого Себастьяна были постоянно открыты, так как вход в них был из одноименной церкви.
Надписи на стенах подземелья свидетельствуют о том, что вновь паломники проникли в них после 1432 г. Это был гуманист Помпоний Лета (1428–1497) и его соратники, которых во время папства Павла II (1417–1471, римский папа с 1464 г.) обвинили в вероотступничестве и составлении заговора против папы. Процесс закончился полным оправданием любителей старины, желавших найти в подземелье свидетельства о деятельности первых христиан. В надписях, сделанных на стенах катакомб, Помпоний Лета называет себя первосвященником (pontifex maximus).
О существовании катакомб сообщали письменные памятники, но местонахождение многих было потеряно. Часто их находили при строительных и дорожных работах.
Римляне несколько пренебрежительно относились к памятникам искусства первых христиан. Все же стараниями некоторых средневековых исследователей были сняты копии с фресок и саркофагов.
Благодаря этому можно иметь представление, какими были катакомбы до окончательного опустошения, какие трогательные надписи делались на погребальных плитах.
Антонио Бозио (1575 (1576) – 1629) был одним из первых исследователей подземного мира. Он посвятил всю свою жизнь и все состояние изучению римских катакомб, собрал все сведения из церковных книг, деяний мучеников, жизнеописаний пап и постарался сопоставить все известные факты. Таким образом были открыты катакомбы на Аппиевой дороге.
Антонио Бозио внимательно изучал христианские древности. Обследуя галереи катакомб Святого Калликста, он обнаружил фреску с явным изображением Христа. Он тщательно скопировал ее и датировал началом II в. (тогда еще оставались люди, которые могли в детстве видеть живого Христа). Фреска, к сожалению, не сохранилась, и проверить современными методами датировку ее создания теперь невозможно. Но лик Христа с копии Бозио необыкновенно близок к каноническому образу: удлиненное лицо с длинным носом и маленьким ртом, глубоко запавшие глаза с характерными надбровными дугами, заострившиеся скулы и волосы, ниспадающие на плечи.
Бозио был проделан огромный труд по расшифровыванию надписей в подземелье, объяснению символических знаков. Он посвятил этой кропотливой работе 36 лет жизни. Бозио проводил в подземелье дни и ночи, рискуя заблудиться или быть погребенным под обвалом. Но опасности не останавливали его. Ученый провел колоссальную работу по подготовке изучения катакомб, и все его последователи пользовались трудами ученого.
Сам же он успел определить только одну группу исторических гробниц, а трем катакомбам возвратил их первоначальные названия. Бозио умер в возрасте 54 лет, не дожив до выхода в свет своей книги. Только через пять лет после смерти исследователя был издан его труд, ставший первым полным сочинением о римских катакомбах.
После Бозио изучение подземного города не прекратилось, но катакомбные памятники по какой-то причине описывали отдельно, не привязывая к местонахождению. Скорее всего, целью исследователей были не археологические открытия, а религиозная пропаганда.
Остатки живописи, скульптуры, надписей собирали безо всякой системы. Фрески и эпитафии копировались далеко не все, многое было утрачено безвозвратно.
В конце XVII в. к методу Бозио приблизился археолог Рафаэль Фабретти (1618–1700). Он издал книгу с описанием двух вновь открытых катакомб и собранием эпитафий. Археолог Маркантонио Болдетти (1668–1749) в 1720 г. тоже выпустил свой труд, ставший плодом тридцатилетней работы. Несмотря на то, что в его книге описана только малая часть памятников, в ней содержится масса важных открытий.
После этого был издан еще ряд книг, содержавших сочинения о римских катакомбах. Заслуживают внимания исследования Джованни Батиста Росси, которого по праву можно назвать последователем Антонио Бозио.
Росси строго следовал системе, разработанной Бозио. Он практически сразу столкнулся с трудностями, связанными с добыванием материалов, так как во время гонений христиан, особенно при Диоклетиане, было уничтожено множество церковных книг и архивных документов.
Большую помощь Росси оказали путеводители по святым местам, составленные паломниками. Их рассказы и описания, изложенные порой примитивно, давали бесценную информацию о катакомбах еще до перенесения мощей святых мучеников.
Фрески, саркофаги, эпитафии, взятые отдельно, без исследования их местонахождения, способны дать только поверхностное представление о христианском искусстве.