Два года спустя боярин — снова участник царского похода, на этот раз, после кончины сына Грозного, — во главе с новым монархом Борисом Годуновым (апрель 1598 года) против войск крымского хана Казы-Гирея. Федор Никитич получил назначение очень почетное — первым воеводой «государева полка», то есть отборного воинского соединения, нечто вроде позднейшего гвардейского. Его заместителем стал его брат Александр Никитич Романов. То же повторилось в майской росписи воевод — их имена стоят впереди всех других, в том числе и Шуйских.
Его служебные успехи, высокое место среди российской знати не могли не вызывать зависти, противодействия. Проявлялись они по-всякому, в том числе и в местнических спорах. Например, князь Ф. А. Ноготков, из рода Оболенских, получивший должность второго воеводы сторожевого полка, более низкую, чем у Ф. Н. Романова, бил на него челом. Он, как и многие в подобных случаях, не хотел да и не мог допустить «потерьки», «порухи» себе и своей фамилии и тогда, и на веки вечные. Ему, доказывал Ноготков, «меньши боярина Федора Никитича Романова быть невместно»; более того, «мочно ему», Ноготкову, «быть больши боярина Федора Никитича, дяди Данилы да отца ево Никиты Романовичей Юрьевых». Подобные претензии Ноготкова-Оболенского вызвали гнев обычно тихого царя Федора:
— Велено тебе быть на нашей службе на берегу меньши боярина Ф. Н. Романова; «а до Данила и до Никиты (то есть дяди и отца Федора Никитича. —
После такой царской отповеди получалось, что Ноготков оказался виновен в «невместном» челобитье, за что царь повелел посадить его в тюрьму.
Местничался в той же службе с Романовым и П. Н. Шереметев, третий воевода большого полка. Они при объявлении росписи в Кремле даже «у царской руки не был и на службу не поехал». Царь-батюшка в ответ на такое непослушание велел его сковать, посадить в телегу — воеводу вывезли за посад, за столичную окраину, и отвезли туда, куда назначили. Но, прибыв в полк (в Серпухов), Шереметев, дважды «отговаривался», не брал списки полковых служилых людей; но в конце концов списки взял — сила силу ломит! Причем к Шереметеву, как и другим наместникам-челобитчикам по той же службе, от царя «писано… многижда с великою опалею и смертною казнью; а велено им списки взять и быти на службе по росписи». И те смирились (в том числе и Шереметев) — сообщили царю, что «списки взяли и государевым делом промышляют, блюдяся государевы опалы».
Два года спустя Ф. Н. Романов снова был вовлечен в местнический спор Ноготкова-Оболенского. Правда, не прямо, а косвенно. Князь бил челом не на него, а на своего сородича князя А. Репнина, тоже из Оболенских, и его сослуживца князя И. В. Сицкого. Оба они — третьи воеводы «на берегу», но первый — в передовом полку, второй — в правой руке. Родич Ноготкова князь Репнин оказался ниже по чести князя Сицкого, но не бил на него челом и тем самым допустил местническую «потерьку» для всех Оболенских. Сделал-де это по дружбе с этим самым Сицким и угождая Ф. Н. Романову. Все они трое — великие друзья, как братья. И то "воровское нечелобитье» Репнина Романов умыслил, чтобы сделать «поруху и укор в отечестве» всему роду Оболенских. По просьбе Ноготкова царь велел его челобитье записать в "разрядную книгу», отметив, что Репнин не бил челом на Сицкого по дружбе и виноват в том он один, а роду Оболенских в том порухи в отечестве никому нет.
Все эти местнические свары, уколы, можно полагать, не принесли особых переживаний боярину Федору. За ними последовали события куда более неприятные. Кончина царя Федора, тихого и благонравного, восшествие на престол Годунова привели вскоре к изменению в расстановке политических сил, симпатий и антипатий. Началась, как всегда в таких случаях, борьба разных группировок за власть и влияние. Победа Бориса, при поддержке «великой государыни» Ирины Федоровны, его сестры, вдовы усопшего монарха, и патриарха Иова, его же ставленника, неизбежно столкнула нового царя с придворной знатью, более «породной» и не менее честолюбивой, чем он. Не последнее место в этой среде занимал и Ф. Н. Романов, двоюродный брат царя Федора. Поначалу царь Борис отмечал Федора Никитича среди других вельмож. Поговаривали при этом, что он дал ему страшную клятву в том, что боярин будет при нем братом и помощником в управлении государством. Но добавляли, что делал это Годунов с той целью, чтобы Романовы сами не помышляли о царском троне. К тому же ходили слухи о том, что царь Федор, умирая, выразил желание, чтобы именно они унаследовали престол; называл как будто при этом имя боярина Федора Никитича.