Усиленная служебная деятельность Ньютона сама по себе достаточно объясняет уменьшение его творческой активности в области науки. Мы видим, что Ньютон то пишет отчеты о чеканке монеты, то составляет таблицы пробы иностранных монет, то занимается металлургией, насколько это необходимо для монетного дела. В 1701 году Ньютон, убедившись в полной несовместимости своей должности с профессорскими обязанностями, передает кембриджскую кафедру своему ученику Уистону, которого, впрочем, вскоре удалили и заменили слепцом Саундерсоном.
Около этого времени в дом Ньютона переселилась его племянница, вдова полковника Катерина Бартон, умная, прекрасная молодая женщина, которую Ньютон воспитал на свои средства и любил как дочь. Между тем друг Ньютона Монтегю, к тому времени уже граф Галифакс, потерял жену и, встречаясь у Ньютона с его племянницей, вскоре влюбился в нее. Отношения Монтегю и молодой вдовы возбудили много злых толков, хотя поклонники Ньютона уверяют, что отношения эти были чисто платоническими. Так или иначе, Катерина Бартон была одной из образованнейших и прекраснейших женщин своего времени. Мало-помалу Монтегю сделался в доме Ньютона своим человеком и стал относиться к Ньютону как к старшему родственнику. Этот государственный человек, водивший дружбу со многими учеными, литераторами и поэтами, например с Галлеем, Конгривом, Стилем и Попом, умер в расцвете лет, в 1715 году, оставив в завещании значительную сумму на имя Катерины Бартон и записав на имя Ньютона, в знак любви и уважения, тысячу рублей.
Как всегда бывает, за назначением Ньютона на высокий пост главного директора монетного двора последовал ряд почестей и отличий. В 1699 году Парижская академия наук, только что получившая разрешение допустить в число своих членов несколько корреспондентов из иностранцев, избрала в свои члены Ньютона. В 1703 году Ньютон был избран президентом Лондонского королевского общества и занимал этот пост до самой смерти. В 1705 году королева Анна вздумала со всем своим двором посетить Кембриджский университет и по этому случаю пожаловала Ньютона в дворянское звание. В том же году Ньютон испытал значение пословицы: “нет пророка в своем отечестве”. В Кембридже нашли, что он слишком долго и без пользы был депутатом от университета, и на новых выборах Ньютон провалился, пройдя последним в списке.
До какой степени занятия по должности отвлекали Ньютона от науки, видно из того, что второе издание “Начал” он решился поручить своему ученику, талантливому молодому математику Котесу, конечно, под своим наблюдением. По этому предмету между Котесом и Ньютоном завязалась обширная переписка.
Когда книга была почти напечатана, Котес выразил желание присоединить к ней предисловие и просил богослова и математика Бентлея взять на себя эту работу. Но Бентлей, да и сам Ньютон, настаивали на том, чтобы предисловие было составлено Котесом. Последний согласился и спросил Ньютона, дозволит ли он “отделать” Лейбница за его нападки на Ньютона? В то время между Ньютоном и Лейбницем происходила знаменитая полемика, в которой оба противника были одинаково неправы по вопросу о том, кто из них первый изобрел дифференциальное исчисление. При всем своем личном раздражении против Лейбница Ньютон не только не дозволил упомянуть его имя в предисловии, но, наоборот, воздал должное своему противнику в особом примечании, в котором прямо признает за Лейбницем равные с собою права на открытие дифференциального исчисления. Ньютон сознавал, что великое произведение, где излагаются вечные истины, не должно иметь ничего общего с полемикой, представляющей чисто личный и весьма недолговечный интерес.