Из членов совета, уцелевших после учиненной Иродом бойни, самые влиятельные представляли еще одну часть иудейского общественного мнения — фарисеев. Во время осады двое главных фарисеев выступили за то, чтобы открыть Ироду ворота. Иосиф вольно или невольно исказил их имена, но приводились убедительные, довольно правдоподобные доводы, что это самые выдающиеся вожди фарисеев всех времен — Гиллель и Шаммай старшие. За десять лет до того Шаммай способствовал ужесточению позиции совета в отношении недостойных действий Ирода в Галилее. Но теперь он с товарищем призывал сдаться.
Фарисеи и саддукеи были скорее не обособленными сектами, а правовыми школами, представлявшими различные позиции в рамках общего учения. Они выкристаллизировались в опознаваемые группы во второй половине II века до н.э. когда фарисеи, следовавшие традиции старых групп строгих пиетистов, возникли как партия, выступавшая против осуществлявшегося хасмонеями слияния царской власти с властью первосвященника. Название «фарисей» было предметом такого же множества предположений и домыслов, как и «саддукей»; чаще всего истолковывают его происхождение от слова, означающего «отделение», то есть разрыв со всем грешным или нечистым. Сами они предпочитали более скромное название — «хаберим», означавшее «равные» или «товарищи».
Стал фарисеем и принадлежавший к более позднему поколению Иосиф, и он говорит их языком, когда заявляет, что важнейшей характерной чертой иудаизма является Закон Моисея. Эта Тора, или Откровение, — понимаемая как законы, сопутствующие святому дару, — состояла из пяти Книг Моисеевых, которые к концу IV века до н.э. стали считаться каноническими. К 200 году закрепился канон Пророков, за ним канон Писаний, сохранившиеся части которых христиане называют Ветхим Заветом. Многие иудейские авторы всех времен распространяются о своей страстной любви к Закону, особенно Псалмопевец и автор Книги Екклесиаста (Бен Сира, ок. 180 г. до н.э.); а греку, злословившему в адрес народа Моисеева, Иосиф ответил: «Мы обладаем Законом, идеально предназначенным поощрять истинную религию, социальную справедливость и добрую волю между народами».
Фарисеи возложили на себя высокую обязанность излагать и толковать этот Закон, утверждая, что он распространяется как на жизнь нации, так и на личную жизнь. Однако в противоположность саддукеям они считали, что Господь на горе Синай передал Моисею не только писаный Закон Торы, но и Закон неписаный, известный (примерно со времен Ирода) как «предания старины» или «предания старцев», который исходил из божественных уст и должен храниться и передаваться будущим поколениям. Более поздние теологи даже утверждали, что Господь заключил завет с Израилем только потому, что законы не были писаны.
Фарисеи черпали поддержку не в храме — стихии саддукеев и жрецов, а в синагогах — прежде всего местах изучения Закона. Хотя вряд ли можно утверждать, что синагоги созданы фарисеями, они все больше использовались ими для направления мыслей иудеев. Иврит Ветхого Завета в большинстве понимали только хорошо образованные люди, а фарисеи могли предложить его тексты на арамейском языке, что давало им возможность добавлять собственные уточнения и толкования. В вопросах религии они придерживались прогрессивных взглядов, стремясь, и это на самом деле так, противодействовать эллинизирующим упрощениям, но понимали, что лучше всего это делать путем адаптации веры к современным практическим потребностям, поскольку они утверждали, что люди имеют право изменять любой закон. В основном это были миряне, главным образом из средних слоев, стремящиеся получить образование и жаждущие приобщения к вере. Им помогали в этом деле не имеющие духовного сана правоведы (соферим — книжники). Фактически многие книжники сами являлись фарисеями. Книжники решали, что нужно для практического применения Закона на все случаи жизни; насчитали своим делом с помощью дополнений и вольных умозаключений выискивать в Торе более глубокий смысл. Типичный книжник, зачастую бедняк, удостоен похвалы в Книге Екклесиаста (Екк. 9, 15 — 18).