Денежный счет велся строгий. И любой коллега-учитель, чье благополучие зависело от деятельности учеников, был заинтересован в их выступлениях. Между тем от пения на открытом воздухе, часто в непогоду, мальчики простужались, портили голоса. Лекарь освобождал их от пения, а музик-директору приходилось изворачиваться, чтобы в очередное воскресенье обслужить хорами все четыре церкви. По долгу службы и ему самому часто доводилось шагать вместе с учениками, небрежно одетыми в суконные плащ-накидки, обутыми в грубые ботинки с чулками, обрызганными грязью: из-под капюшонов выбивались нечесаные волосы. Только кантор и префекты носили парики. Бах шагал со своим хором за катафалком знатного или богатого покойника со свертком нот в руках. Будничная картинка.
Пели и на свадьбах. Господин ректор и его коллеги, участвующие в доходах, зорко следили, чтобы ни один молодой купец или состоятельный бюргер не посмел обвенчаться вне города, в какой-либо сельской кирке и обойтись без хора из школы св. Фомы.
Примерно на одну неделю в месяц кантор назначался дежурным наставником интерната. Блюсти дисциплину с часа пробуждения мальчиков до конца дня, наблюдать за здоровьем учеников. Мальчики часто страдали болезнями горла, чесоткой. Зажиточные семьи опасались отправлять в школу своих детей. Ректор же Эрнести все внимание сосредоточивал на торжественных актах, чесотка и неряшество считались нестоящими подробностями, объясняемыми плебейской природой школяров и нерадивостью господ учителей.
Десятилетия жизни Баха в Лейпциге полны созидания. Но лишь некоторые годы не отмечены унизительно мелкими конфликтами композитора с консисторским и магистратским начальством. Заметим, однако, что при всей преданности и симпатии к Иоганну Себастьяну редкий биограф решается всю вину за возникновение этих тяжб всецело возложить на сторону недоброжелателей Баха.
Началось вое с малого. Городские власти еще старика Кунау хотели отстранить от руководства музыкой в университетской церкви св. Павла (где в свое время Бах испытывал орган Шейбе). Кунау нервничал и, чтобы сохранить за собой привилегию, пошел на некоторые материальные уступки. С приездом нового кантора начальство решило воспользоваться удобным случаем и передать ведение музыки в университетской церкви другому органисту и капельмейстеру Гернеру. Его уже утвердили в этой должности. А Баху в конце сентября 1723 года не пожелали выплатить даже те талеры, которые по традиции выкладывали Кунау из кассы университетской церкви.
Иоганн Себастьян отверг попытку подорвать его престиж музик-директора. Так возникла тяжба, мелкая, длительная. Это был первый конфликт, омрачивший надежды Себастьяна на покой и, надо сказать, омрачивший труд жизнеописателей великого композитора и музыканта. Тяжбы, препирательства между кантором и начальством шли в течение лет досадной чередой.
Уже первому столкновению с консисторией суждено было длиться годы... Впрочем, на повседневную деятельность музыканта и композитора, на жизнь его семьи эта тяжба существенного влияния не оказывала. Двенадцатилетннй сын Вильгельм Фридеман еще летом 1723 года был зачислен в третий (tertia) класс школы св. Фомы, Филипп Эммануель - в четвертый (quarta). В феврале будущего года родился первенец Анны Магдалены - сын Готфрид Генрих.
В эти годы завязались дружеские связи Баха с музыкантами Дрездена. Поскольку университетская церковь упорно отказывала кантору в уплате традиционных талеров, Иоганн Себастьян в сентябре 1725 года отправляет королю и курфюрсту прошение-жалобу. Через три дня из двора курфюрста пришло письмо в лейпцигскую консисторию с требованием принять решение по прошению директора музыки. Бах не дождался ответа консистории. И сам отправился в Дрезден.
Иоганн Себастьян дает концерт на прекрасном органе в церкви св. Софии. Его имя еще со времен состязаний с Маршаном было известно дрезденцам. Помнил виртуоза и сам курфюрст, его министры и приближенные. И вот новый успех артиста-виртуоза. Весть о его гастролях в столице достигает Лейпцига. Но университетское и консисторское начальство молчит. В начале ноября Бах снова обращается к королю. В канун нового, 1726 года отправляет еще одно прошение "великодержавному королю и курфюрсту" Фридриху-Августу I (как король польский, он именовался Августом II). Консистория сдается. 21 января получено предписание о выплате кантору, но не двадцати, как полагалось, а двенадцати талеров. Решение половинчатое: руководство музыкой университетской церкви осталось поделенным между Гернером и Бахом. Однако достоинство упрямого кантора было восстановлено. Мелкая тяжба длилась 2 года 4 месяца!
С магистратом у кантора сложились поначалу отношения вполне добропорядочные. Надо сказать ради истины, что Себастьян не прочь был воспользоваться противоречиями между магистратом и консисторией. Молодость многому уже его научила. Но нарастало недовольство учительской деятельностью Баха в стенах самой школы св. Фомы.