В своем Чешском королевстве Иоанн не появлялся почти три года, притом последний его наезд в Прагу был очень недолгим — он лишь собрал здесь немного денег и уехал обратно на Рейн. По окончании итальянской эпопеи он водворил в Праге своего сына с титулом маркграфа Моравского. Юный маркграф Карл сделал все, что было в человеческих силах, для возрождения старого королевства, изнуренного поборами и постоянным отсутствием отеческой опеки. Карл Люксембург снискал большие симпатии в Чехии, особенно среди бывших приверженцев его матери, среди духовенства и в городах. На какой-то момент Иоанн даже забеспокоился из-за популярности сына и лишил его полномочий, которыми сам наделил его в Чехии. Но, не имея возможности править королевством, удаленным на сотни километров, в конечном счете он решил дать сыну свободу действий. Таким образом, Карл представлял Иоанна в Праге, а Иоанн-Генрих — в Инсбруке.
Едва узнав о кончине Генриха Каринтийского, оба брата сразу же направили к отцу гонцов с просьбой как можно быстрей ехать к ним. Мол, если он не вернется, они не ручаются за ситуацию. Действительно, в империи вот-вот могло возникнуть положение, не сулившее дому Люксембургов ничего хорошего. Иоанн как будто выказал подлинное огорчение в связи со смертью Генриха Каринтийского. Тот был не только его свояком, но в последние годы жизни настоящим другом. Он ответил сыновьям, чтобы не тревожились; и действительно, его здоровье почти восстановилось, но пока медики не разрешают ему подвергать себя тяготам долгого переезда верхом. Но, мол, скоро он сможет сесть в седло и прибудет им на помощь.
Пока Иоанн задерживался в Париже, дела Люксембургов приняли дурной оборот. В мае в Линце герцоги Альбрехт и Оттон Габсбурги получили от Людовика Баварского инвеституру на Каринтию. Но у них было меньше прав на это герцогство, чем у дочери покойного, потому что они были лишь детьми сестры Генриха Каринтийского. Людовик Баварский проявил такую благосклонность к австрийцам, что пообещал им свою вооруженную поддержку, если Иоанн Чешский не признает этой передачи земель.
Маргарита Маульташ и ее муж Иоанн-Генрих, Карл Моравский, герцог Генрих Нижне-Баварский пытались побудить императора отменить свой акт, напоминая ему прежние обязательства в пользу Иоанна Чешского, но тщетно. В ожидании возвращения отца Карл занимался тем, что мешал сформировать коалицию против Чехии. Людовик Баварский собирался вступить в переговоры с польским королем Казимиром, сыном недавно умершего Владислава Локетка. Карл опередил его и заключил с Казимиром Польским перемирие на год.
Иоанн, выздоровев, наконец смог выехать. В Прагу он прибыл в конце июля. Оттон Австрийский уже вступил в Каринтию. Иоанн-Генрих, не имея возможности ему противостоять, удалился с женой в Тироль. Габсбург покорил Каринтию без особых затруднений.
Первое, что сделал Иоанн по приезде на восток, — выразил протест против этой оккупации. Сформулировать его от имени чешского короля и передать Габсбургам было поручено епископу Оломоуцскому и герцогу Рудольфу Саксонскому. Но он не ограничился словами. Тридцать первого июля 1335 г., то есть сразу после приезда в Прагу, он с обычной быстротой велел объявить мобилизацию в расчете на войну с Людовиком Баварским и австрийскими герцогами.
Потом он стал искать союзников. Он вряд ли мог рассчитывать на поддержку кого-либо, кроме Генриха Нижне-Баварского, а этого было недостаточно для победы над Габсбургами, объединившимися с Виттельсбахом. Помочь ему были способны разве что Польша и Венгрия. Поэтому он обратился к королям этих стран. Двадцать четвертого августа Иоанн встретился в Тренчине с посланцами венгерского короля. Карл Роберт был женат на сестре Казимира, поэтому поддержка со стороны одного могла быть очень полезной в общении с другим. Условия, выдвинутые королем Венгрии, были суровыми: Иоанн должен был не только отречься от польского трона, на который по-прежнему претендовал, но и отказаться от сюзеренитета над Силезией, который был реальностью. Иоанн не согласился вести переговоры с Казимиром Польским через посредничество Карла Венгерского на таких условиях.
Но он предложил Карлу Роберту переговорить с ним одним. Король Венгрии желал, чтобы Иоанн признал за ним или за его сыном Людовиком права на корону Польши в случае, если род Локетка пресечется. На этой основе оба суверена договорились заключить наступательный и оборонительный союз, неявно направленный против Людовика Баварского, потому что учитывалась также возможность, что Иоанн будет призван для осуществления более высокого предназначения, под которым мог иметься в виду только сан императора. Даже в самых неблагоприятных условиях Иоанн не отказывался от намеченных целей.