Протоиерей Павел Левитский в свое время даже провел расследование этого загадочного дела. Вот что он писал в своих воспоминаниях:
«…Что за болезнь была у отца Иоанна и где ее причина? Тяжелая и неожиданная болезнь отца Иоанна тогда же породила много толков в Кронштадте и в Петрограде. Сущность их сводится к следующему.
В день Святой Великомученицы Екатерины 24 ноября 1904 года отец Иоанн вечером возвратился из Петрограда и, не заезжая домой, проехал прямо к кронштадтскому купцу Я.К. М-ву, жена которого была в этот день именинницей. Ужасный, совершенно больной вид батюшки, еще накануне цветущего здоровьем, поразил и напугал всех. Отец Иоанн ничего не говорил о том, что с ним произошло, но был так слаб, что с трудом, в сопровождении Я.К. М-ва, доехал до дома и слег в постель совершенно больным. Оказывается, в этот день отца Иоанна в Петрограде пригласили якобы служить молебен в одну квартиру на Николаевской улице. Квартира принадлежала сектантам-пашковцам. Последние, когда отец Иоанн приехал к ним, вытолкали или даже не впустили в комнату лица, привезшего батюшку, заперли двери и начали батюшку мучить: бросили его на пол, топтали ногами, в нос набили нюхательного табаку, в рот вставляли папиросы, мяли и давили его так, чтобы повредить внутренние жизненные органы в области живота и через то причинить ему ежечасные страдания и ускорить смерть. Отец Иоанн молча переносил все. Замучить его до смерти, по-видимому, не входило в расчеты злодеев: они или боялись ответственности перед законом за вопиющее преступление, или успокаивали себя мыслью, что батюшка теперь уже не опасен для них и что смерть его есть вопрос недалекого будущего.
Как относиться к этому рассказу?
Теперь, когда прошло десять лет после описанной болезни отца Иоанна, трудно восстановить истину, тем более что батюшки уже нет в живых. Желая быть беспристрастным повествователем, приведу некоторые соображения: а) как будто подтверждающие правдоподобность сих слухов о причине болезни батюшки, и б) отрицающие возможность рассказанного случая.
а) Что случай истязания отца Иоанна имел место и был причиной его тяжелого заболевания в ноябре 1904 года, это подтверждают: 1) удивительное совпадение идущих из разных источников сведений об усилении болезни батюшки к 25-му ноября 1904 года, в каковой день за слабостью он уже не мог служить в соборе, причина же слабости была в том, что батюшка претерпел накануне; 2) характерные признаки болезни: как будто бы все отдавлено внутри и оборвано, что-то попорчено в желудочной области, почему батюшка после болезни почти ничего не ел, совершенный упадок сил, указывающие на механическое повреждение, нанесенное батюшке совне, со стороны;