Он довольно критично воспринимал современную ему общепринятую практику преподавания Закона Божия. Его не устраивало, что хотя формально курс этот и поставлен был в программе на первом месте, но на деле больше оказывался последним. Его удручало, что дети, как и их родители, зачастую увлечены были «духом света», чтением светских журналов, наполненных «легкими, игривыми, карикатурными примерами страстей человеческих, над которыми читающие любят только смеяться». Светская литература, считал он, все более решительно проникавшая в жизнь людей, не имела примеров нравственных, из которых можно было бы извлечь «уроки жизни». Тогда как Иоанн надеялся посредством обращения к христианской истории и нравственности прояснить для юношей цель человеческой жизни, ее высшие ценности и понятия. Дело воспитания он видел в нераздельном двуединстве: воспитания для земли и воспитания для неба. «Как член гражданского общества, человек, — говорил Иоанн, — должен возрастать для круга общественной деятельности, к которой Бог призывает его (по принципу «Кесарю кесарево»), а как предназначенный к небесной жизни, он должен созреть ко дню жатвы и принести неувядаемые плоды добродетели («Богу — Божие»)».
По гимназической программе Закон Божий преподавался в 1—4-х классах — по три часа в неделю; в 5-7-х классах — по полтора часа в неделю. Уроки Закона Божия в первых четырех классах в общем повторяли программу уездных училищ, разве что несколько подробнее. В 5—7-х классах изучались: история церкви, главным образом православной; Священное Писание с толкованиями; разъяснялись обязанности христианина, то есть своего рода нравственное богословие.
…В первые дни октября 1862 года во вновь организованной кронштадтской мужской гимназии при огромном стечении учащих и учащихся, почетных гостей и родителей состоялось актовое торжество, знаменующее не только первый день жизни гимназии, но и начало первого в ее стенах учебного года. Заключительное слово было предоставлено законоучителю гимназии Иоанну Ильичу Сергиеву. Он был краток:
— Всякою наукой дорожите, всякую науку любите, потому что всякую науку открыл людям Господь Бог, источник разума и премудрости. Учитесь охотно и прилежно. Когда будет вам трудно или скучно, обращайтесь смело с верою к Господу Иисусу Христу, любящему вас, и Он тотчас поможет вам.
Гимназисты вслед за своими наставниками стали расходиться по классам. Первоклассникам повезло — первым уроком у них был Закон Божий. Дежурный ученик, стороживший в коридоре, вбежал в класс со словами: «Идет! Идет!» Мальчишки торопливо рассаживались по своим партам, наступила тишина. В дверях показался батюшка: в темно-лиловой рясе, с наперсным крестом, блестевшим на груди. Необычайная доброта его лица и ласковая улыбка сразу располагали к нему. Немало учеников сошли со своих мест и подошли под благословение, целуя с чувством радости его руку. Батюшка каждого благословлял и ласково гладил по голове и щекам.
— На молитву, дети! — сказал он и повернулся к иконе.
Дежурный прочитал молитву.
Иоанн, неторопливо подойдя к кафедре, сел на стул и раскрыл журнал. Внимательным взором оглядел притихший класс. Казалось, он каждого согрел и обласкал. Начался урок. Внимание мальчишек было привлечено тем, что в руках учитель держал целую стопку разноцветных книжек. Это оказались жития святых, разъяснения праздников, описания святых мест и душеполезные беседы. Каждый из учеников получил по книжке. Вторую половину урока батюшка уделил чтению житий святых. Эти чтения настолько занимали ребят, что они просили эти книги с собой на дом. Учитель был этому рад и приговаривал: «Читайте, дети, внимательно, сколько в этих книжках благодати Божией!»
Так и повелось. Еженедельно учитель приносил новые книжки и раздавал их, собирая старые, прочитанные учениками. Затем батюшка объяснял урок следующего дня, а после этого начинал спрашивать. Желающих отвечать урок обыкновенно было много. Пять-шесть учеников стояли около его кафедры и непрерывно просились отвечать. Протягивались нетерпеливые руки и слышались умоляющие возгласы: «Батюшка, позвольте мне! Позвольте мне!» Иоанн по очереди внимательно выслушивал каждого, иногда поправлял, кивал одобрительно головой, говоря: «Хорошо, хорошо, так, так!» Потом гладил счастливца по голове и ставил отличный балл. Тот, весь сияющий, отходил, садился на свое место и, вынув жития святых, начинал читать. Не знавших урока не было. Звучал звонок, и батюшка прощался с ребятами до следующей встречи.