Студенты академии в бытовом отношении были обеспечены значительно лучше студентов других учебных заведений, вынужденных скитаться по частным квартирам и углам, питаться в городских столовых. У академиков всё было под рукой и к их услугам. Жилые комнаты большие, светлые, хороший стол, одежда в достаточном количестве, громадная библиотека для занятий, большой сад для прогулок. Все это обеспечивалось бюджетом, куда входили средства Синода, пожертвования епархий, монастырей и других учреждений, отдельных иерархов и частных лиц.
В год поступления в академию Ивана постигло горе — умер отец Илья Михайлович, тяжело переживавший смерть младшего Ивана, и мать осталась одна с братом и сестрами на руках, в крайней нужде и бедности. Помощи им ждать было неоткуда, если только не от старшего сына. Не видя иного выхода, Иван решил оставить учебу в академии, вернуться на родину и стать дьяконом или псаломщиком где-нибудь на приходе. Однако мать воспротивилась этому решению и не позволила сыну бросить учебу. Пошло навстречу и руководство академии: зная о стесненных обстоятельствах Сергиева и о том, что у него лучший на курсе каллиграфический почерк, ему предложили место писаря в академической канцелярии с жалованьем 9—10 рублей в месяц. Кроме того, письмоводителю полагалась отдельная рабочая комната. Таким образом, помимо жалованья, которое он стал отсылать матери, Сергиев получил возможность уединенного сосредоточенного досуга.
Как об учебе в семинарии, так и об учебе в академии Иоанн Кронштадтский вспоминал не часто, и каких-то полных и развернутых записей, касающихся его жизни этого периода, нет. В дневнике иногда можно обнаружить скупые строки: «Чту почтенную память вашу, мои бывшие начальники и наставники (владыка Макарий, инспектор архимандрит Иоанн (Соколов)[43], лектор богословия и профессор архимандрит Кирилл)»[44]. Трое названных были теми «звездочками», что ярко сияли на фоне общей убогости, серости и безынициативности академического образования времен обер-прокурора Протасова. Припомнить кого-то еще действительно было трудно. Разве можно указать на профессора И. А. Чистовича, автора двухтомного труда по истории Санкт-Петербургской академии.
Ректор Макарий (Булгаков) был назначен на эту должность в декабре 1849 года. Ранее, с 1842 года, он преподавал здесь же — бакалавр в богословском классе, экстраординарный, ординарный профессор, читающий курс догматического богословия; профессорские обязанности сохранил он за собой и в последующем. В 1851 году состоялась его хиротония во епископа. Академические годы были весьма плодотворными для Макария: написаны три первых тома «Истории Русской церкви», подготовлены к публикации некоторые памятники древнерусской литературы, выпущен ряд статей. Все эти, а потом и последующие церковные труды, когда он занимал Московскую кафедру, обеспечили ему почетное и высокое место в русской науке.
В личности и деятельности Макария на профессорском и ректорском постах отразилась та самая линия «обратного хода», ярко проявившая себя в «протасовские времена». Как профессор догматики он во многом являлся ее проводником, создав классический курс догматического богословия, ставший обязательной настольной книгой для всей Церкви. В начале XX века среди русских богословов, пытавшихся преодолеть догматико-схоластическое наследие прошлого и вернуть православное богословие на путь развития, «нападать на Макария» и даже «ниспровергать» его догматические сочинения стало чем-то вроде правила хорошего тона.
Макарий запомнился учащимся академии не только своей богословской и исторической образованностью, но и строгостью. Так, например, выход за пределы Духовной школы был возможен лишь дважды в неделю по отпускным билетам. Понятно, что студенты все равно обходили самые строгие правила, но подчас это приводило к тяжким последствиям. В дневнике под датой 14 ноября 1906 года Иоанн вспоминает, как один из студентов, В. И. Метельников, напившись до бесчувствия, вынужден был в зимнее время оставаться на улице, так как ворота академии были закрыты. В результате — отморозил руки, да к тому же был изгнан из академии.
Инспектор академии Иоанн (Соколов) также отличался строгостью в отношении студентов и одновременно своей ученостью, являясь автором образцовых для того времени трудов по церковному праву. «Он был дивный человек, — вспоминал Иоанн, — и ему я обязан тем, что получил это великое назначение — священство»[45]. Очевидно, говоря так, Иоанн Сергиев имел в виду, что именно архимандрит Иоанн инспектировал Архангельскую семинарию и там заприметил его, и способствовал поступлению в академию.