И все же программа семинарии оставалась очень обширной. Для ее усвоения требовалось шесть лет. Обучение было разделено на три двухгодичных цикла, или отделения. В низшем (первом, или риторов) больший упор делался на изучении риторики и поэзии, а потому обучающиеся назывались «учениками словесности». В среднем (втором, или «философском») отделении — добавлялись патристика, философия, психология, герменевтика, логика, естественные и сельскохозяйственные науки. В высшем (третьем, или «богословском») отделении — помимо продолжения многих из уже названных предметов уделялось особое внимание богословским наукам и изучению иностранных языков. В самих духовных школах резко возросла власть ректоров. На эту должность назначались почти исключительно монахи. Они же рассматривали эту должность как дополнительную, излишнюю, ступень на пути к архиерейству и подчас пренебрегали ею.
На такие сложные обстоятельства «в эпоху перемен» пришлось обучение Ивана Сергиева в семинарии.
Архангельская духовная семинария была одной из старейших на севере России. Она была учреждена еще в 1723 году и располагалась первоначально в городе Холмогоры. В 1811 году по распоряжению епископа Парфения (Петрова) семинария переводится в Архангельск и начинается строительство нового двухэтажного здания. Место для него было выбрано видное — на берегу Северной Двины, между улицами Архиерейской и Монастырской[33]. Здание имело большую залу для собраний, помещения для начальствующих и 17 комнат одинакового размера, в которых размещалась «классами и жительством вся бурса Архангельской епархии». В сентябре 1812 года семинаристы и их воспитатели переехали в новое здание. Постепенно обустроился целый семинарский городок: столовая и кухня, больница и баня, кладовые и амбары. Вокруг был разбит сад, а вся территория была обнесена сначала деревянным, а затем и каменным забором.
Административно Архангельская семинария причислена была к Петербургскому духовному учебному округу. Правлению семинарии были подотчетны приходское и епархиальное училища. Принимаемые на заседании правления решения заносились в журнал правления и вступали в действие после согласования с правящим епископом. В общей сложности в трех заведениях учились около трехсот человек.
В годы учебы Ивана Сергиева семинарию возглавляли настоятель Архангельского монастыря архимандрит Вениамин, кандидат богословия, воспитанник Петербургской духовной академии, а затем — архимандрит Василий (Кульчицкий), выпускник Киевской духовной академии, профессор богословия.
Хотя число преподавателей в семинарии было больше, чем в училищах, но все равно их не хватало, и потому даже профессора вынуждены были вести несколько предметов. Магистр богословия Филетер Павловский преподавал историю, археологию, обрядословие и каноническое право. Кандидат Павел Остров преподавал Священное Писание, герменевтику, катехизическое учение, греческую литературу, еврейский язык.
Хотя в целом программа семинарских предметов утверждалась в столице, и изменения в ней не допускались, но все же в интересах нужд той или иной епархии иногда дозволялось введение некоторых дополнительных предметов. Для Архангельской семинарии таковым в 1840 году стало «учение о разных видах заблуждений раскольнических, замечаемых в Архангельской губернии». При императоре Николае I гонения на сторонников древлеправославия снова усилились. В 1836 году Николай I высочайше одобрил постановление «О мерах к ослаблению раскола в Олонецкой и Архангельской губерниях». В 1848 году в Архангельске был учрежден Секретный совещательный комитет по делам раскольников, в который вошли: генерал-губернатор, архиерей, управляющий палатой государственных имуществ и жандармский начальник. Была начата кампания по борьбе с архангельскими старообрядцами[34]. Всего в 1846 году в Архангельской губернии числилось 12 489 старообрядцев всех согласий, 25 скитов и шесть пустынь, в которых было 22 часовни и моленных и проживали 185 мужчин и 798 женщин.
В семинарии в те времена лекций не читали, а задавались и выслушивались школьные уроки. Не случайно и в воспоминаниях учеников ничего не оставалось светлого от многих лет, проведенных в семинариях. Как они писали, «…профессора представляли из себя посредственность. Занимались исключительно чтением уроков по составленным заранее запискам. Лишь несколько чудаков преподавали хорошо, но и те давали в сущности лишь объяснения к сказанному в учебниках или их конспектах». Кстати, даже такое поведение этих последних противоречило уставу семинарий и могло вызвать нарекания и наказания со стороны начальства. Конечно, качество преподавания оставляло желать лучшего. Не случайно в ревизионных текстах епископа Варлаама (Успенского) можно прочитать о «растянутых, сбивчивых, темных уроках», содержание которых воспитанниками трудно усваивалось и в памяти не удерживалось.