В спальню стали приходить близкие и родные императора. Появились великий князь Владимир Александрович, сестра государя великая княжна Мария Александровна, герцогиня Эдинбургская, члены императорской фамилии. Казалось, государь не удивлялся их появлению, но каждого ласково обнял и поцеловал. Постепенно собралась вся семья. Дети и родня осознавали близость кончины Александра и мысленно прощались с ним, как и он прощался с родными и близкими ему людьми. Самообладание императора было так велико, что он даже поздравил великую княгиню Елизавету Федоровну с днем ее рождения.
После трех часов дня государь пожелал причаститься. Пришел духовник царской семьи отец Иоанн Янышев. Вместе с ним вошла вся семья и министр двора, все встали на колени, и умирающий царь внятно, на вид совершенно спокойно, стал читать молитву перед причастием: «Верую, Господи, и исповедую…»
После причастия государь как будто несколько оправился и продолжал оставаться в том же кресле среди своих самых близких членов семьи. Стоявшая на коленях государыня обнимала голову Александра, склонившуюся набок и прислонившуюся к голове императрицы. Больной больше не стонал, но еще поверхностно дышал, глаза были закрыты, выражение лица спокойно. Члены семьи стояли вокруг на коленях, Иоанн Янышев читал отходную. Врач взял пульс… его не было, прекратилось и дыхание. Государь скончался. Императрица не двигалась, как окаменевшая. Все вокруг плакали. В скорбном молчании стоял и Иоанн Кронштадтский.
Но вот все начали подыматься с колен и подходить к покойнику… Лишь царица оставалась в том же положении около часа, не двинув ни одним мускулом. Прощались члены семьи, свита и ближайшая прислуга. Императрица не двигалась. Прощание закончилось. Она всё продолжала сидеть в той же позе, обнимая голову своего мужа. Только теперь окружающие заметили, что она была без сознания. Ее подняли и на руках отнесли на кушетку.
В четыре часа пополудни на площади перед Малой церковью в Ливадии протопресвитер Янышев прочитал манифест, в котором император Николай II возвестил народу своему о кончине Александра III и о вступлении своем на прародительский престол. Потом приведены были к присяге на служение новому государю России особы царской фамилии, чины двора и войска.
Гроб с телом Александра III через Ялту, Севастополь, Спасов Скит (место крушения царского поезда в 1888 году), Харьков, Орел и Москву был перевезен в Санкт-Петербург. Иоанн Кронштадтский был в составе свиты, сопровождавшей траурный поезд. 7 ноября в Петропавловском соборе Санкт-Петербурга сонм иерархов Русской церкви во главе с митрополитом Санкт-Петербургским Палладием (Раевым) совершил отпевание самодержца. Столь долгого и торжественного прощания с царем Россия не помнила: как будто предчувствовали, что хоронить Романовых больше не придется.
Завершившееся царствование Александра III как будто было призвано убедить подданных империи в том, что любые уступки, завоеванные при самодержавии, непрочны, поскольку зависят от воли очередного монарха. Лев Толстой определил деятельность этого самодержца как «разрушившую все то доброе, что стало входить в жизнь при Александре II, и пытавшуюся вернуть Россию к варварству времен начала нынешнего столетия».
Пребывание Иоанна Кронштадтского в Ливадии в трагические дни болезни и смерти Александра III никак не сказалось на отношении к нему двора. Не возникло никакой близости, он остался тем же, кем и был — просто одним из многочисленных священников православной церкви, протоиереем Андреевского собора в Кронштадте, не «свой», но теперь и «не совсем чужой». Более того, среди царской семьи были и те, кто открыто выражал свою антипатию к Иоанну Кронштадтскому. Великий князь Николай Михайлович признавал «недюжинность» священника, но все же видел в нем прежде всего «актера», умевшего приводить толпу и отдельных более слабых характером лиц (чаще всего женщин) в религиозный экстаз и пользоваться для этого обстановкой и сложившимися условиями. В своих публичных беседах, уже после Октябрьской революции, князь довольно едко высказывался об Иоанне: «Манеры у него порывистые, истерические: молится, как будто Богу приказывает — вот его Бог часто и не слушается… Помню я Иоанна Кронштадтского на праздновании крестин Наследника в Ново-Петергофском дворце: восседал он там за парадным столом среди больших сановников в великолепной шелковой рясе с орденскими звездами — такой румяный, упитанный и усердно пьет шампанское. Как Александру Третьему он предсказал выздоровление, так новорожденному Алексею напророчил долгую жизнь и счастливое царствование».