Не было тогда в России ни одного культурного дома, где бы не заходила речь о толстовстве. И на вопрос: «Может ли Лев Толстой обратиться и оставить свои заблуждения?» — отец Иоанн отвечал: «Его страшно одолела гордость, он слишком уж далеко ушел в своих лжемудрствованиях, так и умрет отступником... А как он все хорошо писал, когда занимался обыкновенной литературой и не касался духовной. Вот тут-то и стал он себе противоречить, и ни одна его статья не выдерживает критики».
Батюшка предсказал, что Толстой не покается, так и умрет отреченным от Церкви, еще за шесть лет до смерти писателя. Так оно и случилось. Очень часто отец Иоанн говорил о том, что кончина писателя будет
«Верх дерзости Толстого заключается в том, что ввиду близкой смерти своей он не боится Бога и суда Его и считает себя правым, как и своих учеников, и богохульству своему не полагает никакой меры: уж хулить, так хулить до конца, уж безумствовать, так безумствовать до конца! Геройство — чисто сатанинское, да еще и в превосходной степени, ибо и сам Сатана боится Бога и трепещет уготованных ему мучений, а ученик его превзошел и своего учителя. Вот финал «Войны и мира» и «Анны Карениной» и прочих писаний Льва Толстого».
Существует мнение, что предсмертный побег Льва Толстого из Ясной Поляны был вызван желанием «порвать со своей средой». Истинную духовную причину всегда старались замалчивать.
28 октября 1910 года Толстой тайно отправился к своей сестре, монахине Марии, в Шамордин женский монастырь, но по дороге заехал в Оптину пустынь. На всю Россию славились ее духоносные и прозорливые старцы. Побродив некоторое время около их келий в скиту, писатель зайти к ним не решился и поехал дальше.
Сестра была поражена приездом графа, несколько близких монахинь собрались в келье и слышали, какие ужасы он рассказывал. Толстой говорил, что в последнее время ему не давали покоя ни днем ни ночью какие-то страшные чудовища, которых он видел, а другие не видели. Он приглашал трех священников, но двое отказались приехать, а третьего перехватили родные, оттого он и уехал тайком.
Местонахождение его стало известным, и 31 октября Толстой сел на поезд, с которого его и сняли в Астапове, совсем больного. В Астапово им был вызван старец Иосиф из Оптиной пустыни, но этот вызов «толстовцы» скрыли от общественности. После того как получили телеграмму, вместо отца Иосифа, который болел, решено было послать к Толстому старца Варсонофия. Конечно же он приехал затем, чтобы принять покаяние ересиарха, если он того захочет ввиду приближения смерти. Как говорил святой старец Варсонофий, «ему нужно покаяться и покаяние свое принести перед всем светом. Как грешил на весь свет, так и покаяние свое принести перед всем светом».
Посольство святого старца окончилось ничем. Отчет был таков: «Ездил в Астапово, не допустили к Толстому. Молил врачей, родных, ничего не помогло. Железное кольцо сковало покойного Толстого, хотя и Лев был, но ни разорвать кольца, ни выйти из него не мог».
Религия Толстого, поставленная перед лицом смерти, не дала ему успокоения. Последние дни его были днями человека мятущегося, не знавшего, что ему делать, судя по скупым сведениям, просочившимся из его окружения во главе с Чертковым. Покаяние Толстого явилось бы смертью тех идей, которые он четверть века распространял по всему миру. Покаяния не произошло.
Одному валаамскому прозорливому старцу было видение. Однажды, когда он стоял на скалистом острове около храма, на озере поднялась страшная буря, и он увидел несущуюся по воздуху массу бесов, впереди которой находился Толстой, который стремился к церкви. Бесы старались преградить ему путь к церкви и наконец окружили его и увлекли в пучину у самого обрыва скалы, на которой стоял храм. Старец только впоследствии узнал о смерти писателя.
Отец Иоанн был страшным противником революционеров и «освободителей» и боролся с ними с глубокой убежденностью человека, сознающего их преступность пред Богом и Россией. Не замедлили появиться гнусные клеветы и угрозы расправиться с ним, вплоть до физического уничтожения. Отец Иоанн судил об этом так: «Наша интеллигенция ни к чему не годна, это безбожные анархисты, подобные Льву Толстому, которого они обожают, а я решительно осуждаю. Они поэтому меня страшно ненавидят и готовы стереть с лица земли, но я не боюсь их и не обращаю на них ни малейшего внимания. Я им бельмо в глазу».
В 1904 году семидесятипятилетний старец тяжко заболел, и все ожидали его кончины. Но он оправился и прожил еще четыре года, которые оказались для кронштадтского пастыря годами истинного исповедничества, последнего его подвига в земной жизни. Как писал батюшке один архиепископ, «участь пророков и апостолов и прочих избранников Божиих есть и Ваша участь. Враги нашей веры злорадствуют, читая издевательства над Вашей личностью в издаваемых злодеями журналах, но радуются сему и последователи веры: они видят издевательские изображения Ваши не в смешном виде, но в венце исповедника...».