Должности министров и губернаторов, вообще начальнические посты и даже посты полицейских были в буквальном смысле «голгофою», ибо по преимуществу сюда направляли свои бомбы и пули террористы. «Где наши беснующиеся? Они столько пролили крови за эти годы, разрывая людей бомбами на куски, вырывая у государства лучших людей, не жалея сотни жертв и неповинных детей ради своего адского замысла, уничтожая и себя самих, если это неизбежно, и кончая свою судьбу отвержением Креста Христова перед казнью. Кто не видел беснующихся в селах и деревнях и помещичьих усадьбах, когда они создавали потрясающие зрелища, сжигая вековые постройки, выкидывая имущество в окна опоенным крестьянам, истязая топором и вилами лошадей и животных, пьянствуя и веселясь на пожарищах и под конец оскверняя храмы? Не они ли вовлекли в беснование фабричную и деревенскую молодежь, которая продолжает наводить ужас на население поджогами, воровством, ночными разгулами, угрозами, местью, отвержением Бога, всего священного и дорогого русским людям?!»
Неустанно пророчествовал отец Иоанн:
Такое духовное понимание земной истории позволяло отцу Иоанну становиться выше политических страстей и быть совершенно трезвым даже тогда, когда страсти, волновавшие русское общество, носили возвышенный характер. Во время войны с турками за освобождение славян он предостерегал с церковного амвона как против завоевательских настроений, так и против славянского шовинизма. Отец Иоанн не одобрял агрессивных военных союзов и утверждал, что «миролюбивая Россия никогда не устраивала таких воинственных народных соединений. Мы хотим только упрочить между собой мир, единодушие, свойственное братьям, сделать более общими интересы просвещения, наук и искусств.
Мы должны желать, чтобы племена и народы составляли единственное словесное стадо, единую истинную Церковь Христову».
17 апреля 1905 года был издан Высочайший Манифест о веротерпимости, а 17 октября — Манифест о гражданской свободе. К несчастью, русские люди уже настолько жили по своим прихотям, без страха Божия, что многие превратно поняли благодеяния, даруемые этими манифестами, думая, что дан сигнал к небывалой вседозволенности. Отец Иоанн конечно же не замедлил и высказаться, к чему ведет подобный образ мыслей, во многом смягчая свои пророчества жалостью и любовью к людям, которые не сознают своего отпадения от Божественных заповедей.
«Ни одна страна в мире никогда в таких широких размерах не испытывала такого огульного, всеобщего вреда от безвластия и неповиновения властям, не несла таких материальных, политических и нравственных убытков и застоя в торговле, промышленности и образовании, как Россия... Когда вследствие общего неповиновения властям и бездействия подчиненных членов общества, и при этом бездействии, властей деятельность прекращается, словно в органическом теле прекращается кровообращение, — тогда все в обществе замирает, падает, разрушается, общественная безопасность исчезает и члены общества идут одни против других, дозволяются полный разгул воровства, хищений, вражды, убийства. Так было на днях в России, когда всюду перестали работать учебные заведения, мастерские с рабочими, железные дороги, почты, телеграфы... Подлинно Россия пришла в состояние хаоса».
«Всеми теперь овладела горячка и жажда свободы. Но свобода большинством понимается неправильно, не по Божьему разуму, а по человеческому, слепому, понимается, как повод к угождению плоти, в которой не живет доброе. «Ибо все, что в мире, есть похоть плоти, похоть очей и гордость житейская, не есть от Отца, но от мира сего» [10], она вражда против Бога.