Опасения умирающего сбылись: тотчас после похорон Василия вдове его донесли уже о крамоле. Летописцы оставили нам об этом деле разные свидетельства: по одним, двое князей Шуйских, Иван и Андрей Михайловичи, еще при Великом князе Василии отъезжали к удельному князю Юрию; Василий отправил к брату с требованием их выдачи, и тот беспрекословно исполнил это требование; Василий велел оковать отъезжиков и разослать их по разным городам; но Великая княгиня Елена, ставши правительницею, приказала освободить их по ходатайству митрополита и бояр. Первым делом Андрея Шуйского по возвращении в Москву была новая крамола: он начал подговаривать князя Бориса Горбатого к отъезду, объявил, что князь Юрий зовет его, Андрея, к себе и он хочет к нему ехать. „Поедем со мною вместе, -говорил он Горбатому, – а здесь служить – ничего не выслужишь: князь великий еще молод, и слухи носятся о князе Юрии; если князь Юрий сядет на государстве, а мы к нему раньше других отъедем, то мы у него этим выслужимся". Горбатый не только сам не согласился отъехать, но и Шуйскому отсоветовал; тогда последний, видя неудачу и опасаясь последствий своей откровенности с Горбатым, решился предупредить его: явился к великой княгине и объявил, что князь Борис зовет его отъехать к князю Юрию, который также присылал и к нему с приглашением; но правда открылась, и князя Шуйского посадили опять под стражу. При этом бояре сказали правительнице, что надобно схватить и князя Юрия; Елена отвечала им: „Как будет лучше, так и делайте". Бояре сочли за лучшее отделаться заблаговременно от удельного князя, и Юрий вместе с своими боярами посажен был под стражу в той самой палате, где прежде сидел племянник его, несчастный Димитрий, внук Иоанна III.
По второму известию, князь Юрий прислал дьяка своего, Третьяка Тишкова, к князю Андрею Шуйскому звать его к себе на службу. Шуйский сказал дьяку: „Князь ваш вчера крест целовал Великому князю, клялся добра ему хотеть, а теперь от него людей зовет!" Третьяк отвечал на это: „Князя Юрия бояре приводили заперши к целованию, а сами ему за Великого князя присяги не дали: так что это за целование? Это невольное целование!" Андрей Шуйский сказал об этом князю Горбатому, последний сказал боярам, а бояре – великой княгине. Елена отвечала им: „Вчера вы крест целовали сыну моему на том, что будете ему служить и во всем добра хотеть; так вы по тому и делайте: если является зло, то не давайте ему усилиться". И по приказанию великой княгини Юрий был захвачен.
Какое же из этих двух известий мы должны предпочесть?
Автор первого старается оправдать князя Юрия и обвинить во всем бояр и князя Андрея Шуйского; по его словам, „дьявол вложил мысль недобрую: только не схватить князя Юрия Ивановича, то Великого князя государству крепку быть нельзя, потому что государь молод, а Юрий совершенный человек и людей приучить умеет; как люди к нему пойдут, то он станет под Великим князем подыскивать государства. Дьявол вложил эту мысль, зная, что если князь Юрий не будет схвачен, то не так совершится воля его (дьявола) в граблении, продажах, убийствах".
Последние слова показывают нам, что известие составлено в то время, когда уже бояре возбудили против себя всеобщее негодование ограблениями, продажами и убийствами. Когда бояре, по словам того же известия, еще только думали, как сказать великой княгине о необходимости схватить Юрия, дьявол, видя, что мысль его хочет сбыться, вошел в князя Шуйского и побудил его, злодея, замыслить отъезд; у князя Юрия и на мысли этого не было, потому что он крест целовал великому князю: как было ему изменить? Князь Андрей Шуйский один помышлял зло. Многие рассказывали, что дети боярские и даже бояре говорили князю Юрию, чтоб ехал поскорей в Дмитров: „Поедешь в Дмитров, то на тебя никто и посмотреть не посмеет; а будешь здесь жить, то уже ходят слухи, что тебя непременно схватят". Юрий отвечал им: „Приехал я к государю, Великому князю Василию, а государь, по грехам, болен; я ему целовал крест, да и сыну его, Великому князю Ивану: так как же мне крестное целование преступить? Я готов на своей правде и умереть!" Автор известия мог быть убежден в невинности князя Юрия, но, к сожалению, он не приводит ясных доказательств этой невинности; что князь Юрий крест целовал – это еще не доказательство, ибо и Андрей Шуйский также крест целовал; рассказы многих об ответе Юрия своим боярам и детям боярским также не имеют сильной убедительности.