Царю приходилось признать, что дипломатическая стратегия с казанцами оказалась в конечном итоге не на высоте. После того как ситуация столь серьезно осложнилась, было очевидно, что войны все-таки не избежать. И вот, уже в апреле, был созван специальный совет, на котором было решено организовать очередной военный поход, чтобы покончить с Казанью раз и навсегда. Обсуждение было серьезным и затянулось. Всем было ясно, что сражаться предстоит не только с Казанью, но и с Крымом. Скорее всего, ногаи тоже не останутся в стороне и присоединятся к татарам. Царя решительно отговаривали от участия в походе, но Иоанн прекрасно помнил, сколь безрезультатны были прежние походы к Казани; помнил он и о "робком" нраве своих воевод, ни разу не выказавших под Казанью своей обычной доблести. По всему выходило, что только непосредственное присутствие царя способно оказать магическое воздействие на русскую рать и обеспечить победу.
"Решено было отпустить водою рать, наряд большой, запасы для царя и для всего войска, а самому государю, как приспеет время, идти полем.
В том же месяце пришли из Свияжска дурные вести: князь Микулинский писал, что горные люди волнуются, многие из них ссылаются с казанцами, да и во всех мало правды, непослушание большое; но, что хуже всего, в русском войске открылась цинга, много уже померло, много лежит больных, детей боярских, стрельцов и казаков. Царь по этим вестям велел князьям Александру Борисовичу Горбатому и Петру Ивановичу Шуйскому немедленно двинуться в Свияжск. Князья скоро достигли этого города, но вести, присланные ими оттуда к Иоанну, были еще менее утешительны: горные люди изменили все, сложились с Казанью и приходили к Свияжску на воеводские стада; воеводы посылали на них казаков, но казанцы казаков разбили, убили 70 человек и пищали взяли, а болезнь не ослабевает, мрет много людей. От князя Михайлы Глинского из Камы ехали казаки в судах на Свиягу за кормом; и тех казаков казанцы всех перебили, пленным пощады не дали, перебили и всех детей боярских, которые приехали наперед в Казань с воеводскими обозами и были захвачены там жителями; казанцы уже получили царя от ногаев – астраханского царевича Едигера Магмета.
Но от этих вестей в Москве не пришли в уныние: положено было прежде всего поднять дух в свияжском войске средствами религиозными, тем более что к болезни физической там присоединилась нравственная – сильный разврат. Из Благовещенского собора перенесены были в Успенский мощи святых отцов, с них освящена была вода и отправлена в Свияжск с архангельским протопопом Тимофеем – „мужем изрядным, наученным богодухновенному писанию"; вместе с водою Тимофей повез также поучение к войску от митрополита Макария. В это время приехал из Касимова царь Шиг-Алей и начал говорить, чтоб Иоанн не выступал в поход до зимы, потому что летом должно ожидать прихода других недругов и потому что Казанская земля сильно укреплена природою, лежит в лесах, озерах, болотах, зимою легче ее воевать. Иоанн отвечал ему, что уже воеводы со многими ратными людьми отпущены на судах с большим нарядом и со всеми запасами, а что у казанцев леса и воды -крепости великие, то Бог и непроходимые места проходимыми делает, и острые пути в гладкие претворяет".
Медлить с выступлением Иоанну было теперь нельзя.
Он оставил все свои царские дела на супругу Анастасию и 19 июня был в Коломне. Царица весьма порадовалась отъезду Иоанна, поскольку теперь могла вызволить из темниц многих невинных, брошенных туда ее отбывшим на войну супругом. Кроме того, за время отсутствия царя Анастасия изменила к лучшему участь многих опальных бояр. А Иоанн между тем все больше входил во вкус стремительно развертывающейся военной кампании. Практически сразу же по прибытии к нему прибыл специальный гонец с вестью о том, что "…идут многие люди крымские к Украйне".
Иоанн "послал полки на берег: большому полку велел стать под Колычевом, передовому – под Ростиславлем, левой руке – под Голутвиным монастырем; при этом было объявлено, что если придет царь крымский, то государь умыслил делать с ним прямое дело. 21 июня пригнал гонец из Тулы: пришли крымцы к Туле, как видно, царевич, и не со многими людьми.