На другой день вышло первое повеление: игуменов и монахов, которые стояли на правеже, бить палками до смерти и трупы развозить по монастырям для погребения.
На третий день, в воскресенье, Иоанн отправился в кремль к Св. Софии к обедне; на Волховском мосту встретил его, по обычаю, владыка Пимен и хотел осенить крестом; но царь ко кресту не пошел и сказал архиепископу: „Ты, злочестивый, держишь в руке не крест животворящий, а оружие и этим оружием хочешь уязвить наше сердце: с своими единомышленниками, здешними горожанами, хочешь нашу отчину, этот великий богоспасаемый Новгород, предать иноплеменникам, литовскому королю Сигизмунду-Августу; с этих пор ты не пастырь и не учитель, но волк, хищник, губитель, изменник, нашей царской багрянице и венцу досадитель". Проговоривши это, царь велел Пимену идти с крестами в Софийский собор и служить обедню, у которой был сам со всеми своими, после обедни пошел к архиепископу в Столовую палату обедать, сел за стол, начал есть и вдруг дал знак своим князьям и боярам, по обычаю, страшным криком; по этому знаку начали грабить казну архиепископа и весь его двор, бояр и слуг его перехватали, самого владыку, ограбив, отдали под стражу, давали ему на корм ежедневно по две деньги.
Дворецкий Лев Солтыков и духовник протопоп Евстафий с боярами пошли в Софийский собор, забрали там ризницу и все церковные вещи, то же было сделано по всем церквам и монастырям.
Между тем Иоанн с сыном отправился из архиепископского дома к себе на Городище, где начался суд: к нему приводили новгородцев, содержавшихся под стражею, и пытали, жгли их какою-то „составною мудростию огненною", которую летописец называет поджаром; обвиненных привязывали к саням, волокли к Волховскому мосту и оттуда бросали в реку; жен и детей их бросали туда же с высокого места, связавши им руки и ноги, младенцев, привязавши к матерям; чтоб никто не мог спастись, дети боярские и стрельцы ездили на маленьких лодках по Волхову с рогатинами, копьями, баграми, топорами и, кто всплывает наверх, того прихватывали баграми, кололи рогатинами и копьями и погружали в глубину; так делалось каждый день в продолжение пяти недель.
По окончании суда и расправы Иоанн начал ездить около Новгорода по монастырям и там приказывал грабить кельи, служебные домы, жечь в житницах и на скирдах хлеб, бить скот; приехавши из монастырей, велел по всему Новгороду, по торговым рядам и улицам товары грабить, анбары, лавки рассекать и до основания рассыпать; потом начал ездить по посадам, велел грабить все домы, всех жителей без исключения, мужчин и женщин, дворы и хоромы ломать, окна и ворота высекать; в то же время вооруженные толпы отправлены были во все четыре стороны, в пятины, по станам и волостям, верст за 200 и за 250, с приказанием везде пустошить и грабить.
Весь этот разгром продолжался шесть недель. Наконец 13 февраля утром государь велел выбрать из каждой улицы по лучшему человеку и поставить перед собою. Они стали перед ним с трепетом, изможденные, унылые, как мертвецы, но царь взглянул на них милостивым и кротким оком и сказал: „Жители Великого Новгорода, оставшиеся в живых! Молите Господа Бога, Пречистую Его Матерь и всех святых о нашем благочестивом царском державстве, о детях моих благоверных, царевичах Иване и Федоре, о всем нашем христолюбивом воинстве, чтобы Господь Бог даровал нам победу и одоление на всех видимых и невидимых врагов, а судит Бог общему изменнику моему и вашему, владыке Пимену, его злым советникам и единомышленникам: вся эта кровь взыщется на них, изменниках; вы об этом теперь не скорбите, живите в Новгороде благодарно, я вам вместо себя оставлю правителем боярина своего и воеводу, князя Петра Даниловича Пронского". В тот же день Иоанн выехал из Новгорода по дороге в Псков; владыку Пимена, священников и дьяконов, которые не откупились от правежа, и опальных новгородцев, которых дело еще не было решено, отослали с приставами в Александровскую слободу.
Какое впечатление произвел на новгородцев погром, всего лучше видно из следующего известия: 25 мая 1571 года в церкви Св. Параскевы на торговой стороне у обедни было много народа; когда после службы стали звонить в колокола, вдруг на всех напал таинственный ужас, все побежали в разные стороны, мужчины, женщины, дети толкали друг друга, не зная, куда бегут, купцы пометали лавки, отдавали товары собственными руками первому попавшемуся. Точно такое же известие о пополохе встречаем в летописях под 1239 годом, после Батыева погрома".
Псков был уже вовсю наслышан о том, что учинил Иоанн Грозный в Новгороде.
Все жители были буквально объяты ужасом: "псковичи боялись участи новгородцев; по распоряжению воеводы, князя Токмакова, они встретили Иоанна каждый перед своим домом с женами и детьми, держа в руках хлеб и соль; завидев царя, все падали на колена. Иоанн недолго прожил во Пскове, велел грабить имение у граждан, кроме церковного причта взял также казну монастырскую и церковную, иконы, кресты, пелены, сосуды, книги, колокола.