В соответствии с этой посылкой Лелевель читал последовательно курс всеобщей истории — древней и средневековой, затем историю исторической науки, вновь начиная со времен античности. Он читал также лекции по методологии («История, ее ответвления, на чем она опирается»), подготовил курс статистики, которой он отводил, как отмечалось, огромную роль при исследовании прошлого. На его лекциях всегда было много слушателей, которые нередко встречали и провожали его аплодисментами.
За несколько лет, прошедших с 1815 года, идеи, концепции, форма выражения, вчера еще вызывавшие удивление и осуждение, вдруг стали всеобщим достоянием. В литературе утвердился романтизм, восторжествовал он и в политике. Наиболее горячо аплодировали Лелевелю друзья и сотоварищи Адама Мицкевича, первого романтического поэта, те самые, кого вскоре мы встретим в рядах романтиков-конспираторов.
Мицкевич приветствовал возвращение Лелевеля одой, в которой сквозь сознательно классицистическую форму, сквозь торжественно размеренный ритм прорывался сдерживаемый юношеский энтузиазм:
Необходимо отметить, что стихотворение содержало поэтическое изложение историософии Лелевеля, оно говорило о постепенном развитии человечества, последним этапом этого развития была недавняя французская революция. Мицкевич включил в свое стихотворение яркую декларацию интернационализма:
Лелевелевские исследования ранней истории славянских народов были с интересом встречены в России. После его полемики с Карамзиным он получил приглашение сотрудничать в различных русских журналах. Вольное общество любителей российской словесности в Петербурге, аналогичные общества в Москве и Харькове прислали ему дипломы почетного члена. Со многими русскими учеными Лелевель установил тогда дружеские письменные контакты, в нескольких случаях эта переписка продолжалась даже после политической катастрофы.
Ибо не прошло и трех лет, как успешно развивающаяся профессорская деятельность Лелевеля была насильственно прервана политическими репрессиями.
С начала 20-х годов во всей Европе одновременно усилились, с одной стороны, идеологическое брожение буржуазной интеллигенции, с другой же стороны — реакционные действия монархических правительств. Ответом на конспирации и революционные попытки были полицейское наблюдение и репрессии. Не осталась в стороне от этого конфликта и Вильна, где как студенческая молодежь, так и некоторые профессора давно уже считались «неблагонадежными». 3 мая 1823 года в одной из виленских школ ученик пятого класса написал на доске несколько слов в честь польской конституции 1791 года, годовщина которой приходилась на этот день. Один из особо усердных учителей поставил в известность об этом «преступлении» губернатора. Напрасно университетские власти пытались замять этот мелкий инцидент, подвергая взысканию нескольких учеников, а также и директора школы. Донесения о происшествии были направлены в Варшаву великому князю Константину Павловичу и в Петербург Александру I. В июле в Вильну был прислан сенатор Новосильцев с широчайшими полномочиями для ведения следствия. Вскоре он напал на след тайных организаций, в течение уже нескольких лет действовавших в университете и в нескольких школах за пределами Вильны. Аресты в Вильне и провинции охватили сотни людей, главным образом несовершеннолетнюю молодежь. Следователи пытались впутать в дело также и Лелевеля, но у них не было ни малейших улик. В первой половине 1824 года посыпались многочисленные приговоры, главным образом ссылки в глубь России. Важным последствием этого раздутого дела стала реорганизация университета. Чарторыского на посту попечителя сменил Новосильцев, ректором и деканами стали клевреты могущественного сенатора. Четверо наиболее популярных профессоров, среди них Лелевель, были уволены. Осенью 1824 года Лелевель вновь оказался в Варшаве, на этот раз без постоянной должности.