По итогам выборов было частично обновлено управленческое ядро университета, и начались трудовые будни по реализации программы. Процесс обновления команды проходил деликатно, путем консультаций с членами ректората, деканами. Не было такого – «Я принял решение», даже если были рабочие конфликты. На первом месте были деловые качества сотрудника – от проректора до преподавателя, тем более, что очереди высококвалифицированных сотрудников в университет ни тогда, ни в настоящее время нет.
Развал СССР и переход к «капитализму», хроническое недофинансирование требовали новых подходов к стратегии развития университета, реализация которых нуждалась в определенной перестройке фундамента университета, сформированного в предыдущие этапы его становления и развития. Вызовы внешней среды, характерные для 1990-х годов, предполагали разработку миссии и стратегии университета, в соответствии с которыми в вузе активно формировались инновационные структуры, велась организация деятельности по предоставлению платных услуг в сфере высшего образования, повышения квалификации, поддержки НИР и грантов различных уровней.
Все это в совокупности обеспечило развитие университета даже в те непростые годы, когда система высшего образования была вынуждена выживать в рыночных условиях, столь не характерных для нее прежде. Время показало, что в тот период коллектив сделал правильный выбор.
Исполняя обязанности ректора, Сергей Антонович детально разбирался во всех сферах деятельности университета – в учебном процессе, НИР, в инновационной и международной деятельности, в хозяйственных вопросах всех уровней – от кафедры до кампуса Студгородка, в различных аспектах корпоративной культуры и т. д. Нельзя не отметить системную работу Сергея Антоновича над развитием и укреплением таких функций корпоративной культуры университета, как развивающая и образовательная, адаптивная и управления качеством; трансформация стиля управления на различных уровнях на основе методов фасилитации.
В новых реалиях на первом месте были источники финансирования: госбюджет, внебюджетная деятельность (платное обучение, выполнение НИР, оказание образовательных услуг), федеральные целевые программы, работа с предприятиями, которым тоже было непросто выживать. Проблемы набора абитуриентов и поддержания высокого уровня подготовки студентов и аспирантов в тот период деградации отечественной промышленности и науки могли быть решены деканами и заведующими кафедрами только при самом активном участии ректората. Каждому руководителю хоздоговора по возможности оказывали содействие в реализации контракта. Выполнение федеральных целевых программ требовало непосредственного участия в них ректора и проректора по научной работе, а также команды, способной их реализовать. Эта команда окончательно сформировалась к концу первого срока ректорства Сергея Антоновича. Через публикации статей, подготовку докладов на конференциях, участие в совещаниях различного уровня, формирование инновационной инфраструктуры университета КГТУ стал узнаваем во внешней среде, в том числе и международной (проекты с КНР, Францией, Германией). Личное участие Сергея Антоновича во всех этих процессах и доверие к руководителям подразделений университета с его стороны позволили закрепить ряд основных ценностей в корпоративной культуре университета, а также обеспечили прорыв по основным направлениям деятельности университета. Полученные при реализации этих программ знания и опыт совместной творческой деятельности, ранее сформированные ценности корпоративной культуры позволили перейти к элементам системного подхода в вопросах управления университетом, формированию его миссии и стратегии развития.
По всем основным направлениям деятельности университета были разработаны программы развития, обсуждение и результаты которых регулярно представлялись на заседаниях ученого совета. Это были активные обсуждения. На многие новации университет оперативно откликался. Так было и с системой менеджмента качества ИСО 9001:2000. В рамках ее реализации много полезного было сделано в сфере электронного документооборота, проработки базовых бизнес-процессов, формализации процедур взаимодействия структурных подразделений университета до уровня матриц RACI и т. п. В системе управления кафедра позиционировалась как ведущее звено, определяющее качество образовательного и научного процессов через коллектив, материальную базу лабораторий, через связи с предприятиями. Сергей Антонович, прошедший все ступени управленца в вузе, прекрасно это понимал и поддерживал большинство начинаний по совершенствованию работы кафедр (модульный подход в фундаментальном образовании на первых двух курсах, широкое применение математического моделирования, оптимизационных подходов, теории систем, рассмотрение в блоках специальных дисциплин энергосберегающих технологий, альтернативных источников энергии, принципов работы электронных конструкторских бюро, внедрение в учебный процесс дистанционных образовательных технологий и т. п.), в том числе и через гранты КГТУ.