Им стал Луций III (1181-1185), такой же сторонник беспощадных мер против еретиков, каким был и его предшественник. Новый папа созвал собор в Вероне в 1184 г., на котором огласил буллу об искоренении различных еретических учений (Ad abolendam diversarum haeresum pravitatem). Булла предписывала епископам подвергать еретиков высылке, конфисковывать их имущество и осуждать их на "вечное бесчестие". Она призывала очистить католические кладбища от якобы осквернявших их останков еретиков. Хотя булла и не призывала к физическому истреблению вероотступников, она все же преследовала именно эту цель. Подразумевалось, что еретики окажут сопротивление булле, превратившись тем самым в бунтовщиков, а это даст повод светским властям истребить их. Веронский собор одобрил буллу Луция III, которому удалось также заручиться поддержкой императора Фридриха I Барбароссы, обещавшего выполнять указания папских легатов по борьбе с вероотступниками. Стали преследовать еретиков и в Арагонском королевстве. Булла Луция III, как и решения Веронского собора, служила "законным" основанием различным монархам и епископам для грабежа еретиков под видом искоренения ереси.
В 1194 г. правителем графства тулузского, расположенного на территории Лангедока, стал Раймонд VI, относившийся с большой симпатией к катарам и оказывавший им покровительство. Не располагая поддержкой светских властей, местная католическая иерархия была не в состоянии успешно бороться с катарами. Требовались более энергичные действия, чтобы покончить с этой опасностью. Их мог предпринять только решительный и фанатично настроенный папа. Именно таким оказался Иннокентий III избранный на папский престол в 1198 г.
Родом из графской семьи, обладавшей обширными земельными владениями близ Рима, Иннокентий III получил высшее образование в Болонском и Парижском университетах. Результатом его схоластических штудий был трактат "О презрении к миру и о бедственном состоянии человека", в котором он пытался доказать, что все классы феодального общества в равной мере страдают за первородный грех. Весьма реалистическое описание страданий эксплуатируемых феодалами крестьян показывает, что автор хорошо был знаком с окружавшей его действительностью. Он писал: "Холоп вечно служит, терпит угрозы, обременяется барщиной, удручается побоями, лишается своего достояния; если нет у него своего добра, то его принуждают приобретать, а если есть какое-либо имущество, то его у него отнимают. Виноват господин - холоп за него отвечает, а виноват холоп - пеня с него идет в карман господину". Герье В. И. Папа Иннокентии III.- Книга для чтения по истории средних веков.
Иннокентий III проявил себя как сторонник крайних притязаний папства. Об этом он дал знать при своем посвящении в папы, избрав для проповеди библейский текст:
"Смотри, я поставил тебя в сей день над народами и царствами, чтобы искоренять и разорять, губить и разрушать, созидать и насаждать". Себя Иннокентий именовал "царем царей - владыкой владык, священником во веки веков по чину Мельхиседека". Это он является изобретателем нового папского титула - "наместника Иисуса Христа на земле".
Став папой в 38-летнем возрасте, Иннокентий III развил кипучую деятельность, цель которой была превратить папский престол в вершителя судеб всего христианского мира. Он заключал союзы с монархами, отлучал неугодных, интриговал, увещевал, взывал, агитировал, рассылая ежегодно сотни посланий церковным иерархам и светским государям; его легаты, облеченные неограниченными полномочиями, терроризировали многие районы Италии, Германии и Франции. Короли Англии, Арагона, Болгарии и Португалии признавали себя его вассалами.
Иннокентий III был инициатором 4-го крестового похода, участники которого вместо "освобождения гроба господня" опустошили христианскую Византию, захватили и разграбили Константинополь (1204). Иннокентий III одобрил в 1202 г. создание ордена меченосцев и благословил их на завоевание Ливонии, а в 1215г. призвал немецких рыцарей к крестовому походу на пруссов. Наконец, это он отдал приказ приступить к новому крестовому походу против альбигойцев, положив начало массовому и систематическому уничтожению верующих, религиозные взгляды которых расходились с официальной доктриной церкви. Многие исследователи именно его считают основателем инквизиции.