Попытка дать всеобщую историю инквизиции, которая отражала бы все ее этапы и разветвления, была предпринята только одним исследователем, а именно - американцем Генри Чарлзом Ли (1825-1909), но и ему не удалось полностью осуществить свои замыслы: деятельность папской конгрегации инквизиции (священной канцелярии) не была им освещена. Возможно, у исследователя не хватило времени или он отказался от этой темы из-за отсутствия документации или по другим неизвестным нам причинам.
Отсутствие такого раздела в работах Ли и других историков, в частности Жана Гиро, пытавшихся охватить всю историю инквизиции, на наш взгляд, выгораживает папство от вины за преступления инквизиции, создавая ложное представление, что "св. престол" стоял в стороне от деятельности инквизиционных трибуналов, в то время как он являлся подлинным вдохновителем и организатором инквизиции во вселенском масштабе, меняя на протяжении столетий методы и формы ее деятельности и избирая в различные эпохи различные объекты для преследования. Ж. Гиро называет конгрегацию инквизиции и испанскую инквизицию, учрежденную в 1481 г., инквизициями "нового времени", в отличие от средневековой инквизиции XII-XV вв., исследованию которой посвящен его труд.
Другой не менее существенный недостаток, свойственный многим светским историкам инквизиции, заключается в том, что они рассматривают ее только как средневековый институт, защищавший интересы феодальной церкви и феодального строя в целом. Между тем история инквизиции заканчивается в XX в.
Буржуазная и церковная историография бессильны объяснить инквизицию, причины ее появления, различные формы ее деятельности, вскрыть причины ее долговечности. Антиклерикальные историки объявляют инквизицию следствием органической "порочности" католической церкви и свойственного только ей одной духа нетерпимости, игнорируя тот факт, что своих противников с не меньшим ожесточением преследовала протестантская, православная и другие христианские церкви, как и другие религии. Современные церковные защитники инквизиции, хотя и высказывают лицемерное сожаление о ее "крайностях", выдают ее за инструмент "божественного провидения", с помощью которого церковь якобы спасала общество от разложения, а в случае Испании способствовала будто бы ее национальному сплочению и единству.
Научно объяснить существование ересей и преследовавшую их инквизицию можно только исходя из марксистского понимания истории. Ключ к объяснению этих явлений следует искать в классовой борьбе, раздиравшей феодальное общество, и в том положении, которое занимала в нем католическая церковь, окружавшая, по меткому выражению Ф. Энгельса, "феодальный строй ореолом божественной благодати". К. Маркс и Ф. Энгельс первыми вскрыли социальную подоплеку средневековых ересей. Ф. Энгельс показал, что "все выраженные в общей форме нападки на феодализм и прежде всего нападки на церковь, все революционные - социальные и политические - доктрины должны были по преимуществу представлять из себя одновременно и богословские ереси".
В период разложения феодального строя "священные" трибуналы, как отметил К. Маркс в отношении испанской инквизиции, становятся в руках абсолютистской власти мощным инструментом подавления ее противников. С начала XVI в. Испания и Португалия используют инквизицию в целях колониального порабощения народов Америки и Азии, в период Возрождения инквизиция ведет борьбу против гуманистического и рационалистического мировоззрения; в XVIII в. она объявляет войну просветителям и философам-материалистам, а в XIX в.- патриотам, выступающим за независимость колоний, борцам за объединение Италии, за демократические реформы в Испании; папская же конгрегация инквизиции выступает против зарождающегося рабочего движения, социализма; предает анафеме революцию 1848 г. и Парижскую коммуну; наконец в XX в. ее главный враг - коммунизм, Советский Союз, страны социалистического лагеря.
Таким образом, инквизиция в течение своей многовековой истории служила феодализму и абсолютизму, колониализму и капитализму. Если в средние века деятельность инквизиции была связана с застенками, пытками, аутодафе, то в новое и новейшее время, когда она была лишена ее палаческих функций, инквизиция действует более утонченными методами, ее оружием становятся анафемы, отлучения, Индекс запрещенных книг, куда заносились произведения многих выдающихся прогрессивных ученых и мыслителей.
В. И. Ленин отметил, что "все и всякие угнетающие классы нуждаются для охраны своего господства в двух социальных функциях: в функции палача и в функции попа". Церковь через инквизицию совмещала в себе обе эти функции до тех пор, пока буржуазия не лишила ее вместе с земельными угодьями функции палача, оставив ей только обязанности попа.