В середине 1938 года Эбнер был выдвинут на должность председателя дисциплинарного суда Союза национал-социалистических врачей. Несколько ранее, 1 февраля 1938 года, был введен в состав правления «Источника жизни». На тот момент в правлении еще находились гауптштурмфюрер СС Ганс-Георг Бацко и оберштурмфюрер СС Вангеман. В 1939 году Георгу Эбнеру был присвоен чин оберфюрера СС. 20 мая 1943 года Эбнер был приписан к штабной роте Главного управления СС по вопросам расы и поселений. Официально не числился в Ваффен-СС. Однако по инициативе Гиммлера был награжден несколькими знаками отличия.
Главной задачей Эбнера было освидетельствование детей на предмет «расовой безупречности» согласно принципам национал-социализма. Как медицинский руководитель «Источника жизни» выносил вердикты относительно вывоза подлежащих усыновлению детей из-за границы. В случае с Юргеном Визе был повинен в смерти мальчика. Именно по его инициативе ребенок был направлен в заведение для эвтаназии.
В 1945 году Эбнер выдал гестапо врача из дома «Гарц» (Вернигерод) Эбергардта Бранденбурга. Этот врач обвинялся в распространении слухов, «подрывающих обороноспособность страны», и «пораженчестве». Эбнер сам осуществлял первичный допрос Бранденбурга. Эбергардт Бранденбург предстал перед судом по обвинению в антигосударственной пропаганде. Жизнь ему спало лишь то обстоятельство, что суд был назначен на 28 апреля 1945 года. В силу того что рейх находился на грани военного краха, суд так и не состоялся.
Бранденбург давал свидетельские показания 20 февраля 1950 года во время так называемого «мюнхенского процесса» по делу «Лебенсборна». Именно благодаря этим показаниям стало возможным восстановить атмосферу, царившую в «Лебенсборне», равно как и получить точные сведения о Георге Эбнере как личности. Приведем показания Бранденбурга полностью, так как они являются весьма интересным свидетельством.