Принято считать, что в Куско проживало от 15 000 до 20 000 человек, главным образом представителей элиты и их слуг. Здесь же находились дворцы умерших Инков. В них хранились мумии правителей и их потомков, а также, как и в храмах, множество золотых и серебряных предметов в виде посуды, статуй и пластин, украшавших стены и крыши. Для инков эти металлы не имели денежной ценности, а их использование являлось уделом лишь знати. Крайняя степень аккумуляции их в столице, вероятно, должна была подчеркнуть священный характер этого места. Куско, таким образом, был прежде всего религиозным городом и своего рода музеем памяти об инкских правителях. Боги и умершие почти беспрестанно и в огромных количествах получали там подношения, потребляя довольно-таки значительную часть ренты правящего Инки. Хуан Поло де Ондегардо, испанский чиновник, который тщательно изучал инков в 1550-е годы, описывал столицу так: «Куско был домом и жилищем богов, и в городе невозможно было найти ни одного фонтана, прохода или стены, о которых бы не говорили, что у них есть своя тайна». Стоило путешественникам открыть для себя этот город, перейдя через перевал, как они уже не жалели для него молитв и подношений.
Базовым элементом инкского градостроительства являлась совокупность прямоугольных в плане, однокомнатных и одноуровневых, строений, расположенных вокруг какого-либо двора. Такую постройку называли канча («огороженное место»), так как обычно она была окружена высокой стеной с одной или двумя входными дверьми, что гарантировало обособленность проходившей за этой «оградой» жизни.
Такая структура была характерна как для обычных жилищ, так и для дворцов и храмов, в которых «проживали» боги. Улицы Куско представляли собой узкие проходы между высокими стенами, заключавшими в себе эти жилые или религиозные комплексы. С одной из сторон города находилась огромная, 190x165 м, площадь. Она была известна под названием Аукайпата («площадь отдыха»), так как служила для проведения крупных обрядовых пиршеств. Ограниченная с одной из сторон рекой Уатанай, она тянулась вдоль этой реки, плавно переходя в другую, почти столь обширную площадь, которая называлась Кусипаша («площадь увеселений»), — на ней проходили военные парады.
Куско выглядел относительно однообразным: большинство домов, храмов и дворцов были одноэтажными, и все без исключения имели соломенную кровлю; никакое сооружение, вроде мексиканских пирамид, не выделялось среди этих однородных строений. Городской рисунок во многом был продиктован топографией: здания центра располагались на высоком отроге, разделявшем реки Тульумайу и Уатанай, тогда как прочие постройки громоздились друг над другом на склоне холма.
Над всем этим скоплением зданий высилась огромная крепость и храм Саксайуаман, построенная на возвышенности в северной части города. Сегодня от нее остались лишь самые большие камни, те, которые испанцам не удалось переместить при строительстве колониального города.