Гораздо более тяжелыми оказались войны с аварами и славянами, которых каганат неустанно подстрекал к нападениям на земли империи. В мае 583 г. Боян потребовал к 80 000 номисм дани еще 20 000. Маврикий отказался исполнить подобное, и летом воинства авар разорили Грецию, дойдя до Виминация и Анхиала. На следующий год Коментиол отразил вторгшихся в Элладу славян, но к 585 г. набеги авар достигали уже пригородов столицы. Славяне, в свою очередь, оправились и не переставали тревожить границы. Маврикию это надоело, и он лично возглавил в 592 г. поход против них во Фракию, но, смущенный множеством неблагоприятных предзнаменований, передал командование комиту экскувитов Приску и вернулся в Константинополь. Приск завершил начатое, захватив богатую добычу и много пленных.
Около 595 г. император, движимый вышеупомянутой слепой любовью к родственникам, назначил главнокомандующим фракийской армией своего брата Петра. Петр, бездарный и неспособный начальник, натворил массу глупостей, и авары вновь начали теснить ромеев, а славяне в 597 г. осадили, правда безуспешно, Фессалонику. В 598 г. Приск сменил Петра, и византийцы стали одерживать верх, но летом 599 г. Коментиол, под началом которого находилась часть фракийских легионов, неудачно встретившись с войском кагана, трусливо бежал, бросив порученную армию на произвол судьбы. Среди воинов пронесся слух о том, что Маврикий поручил Коментиолу предать их неприятелю, дабы покарать солдат за непослушание, и они, погибая, проклинали императора. Положение сложилось катастрофическое, однако зимой в ордах авар начала свирепствовать чума, и каган согласился за крупную сумму золотом на перемирие. В следующем году Приск разбил войска авар, уничтожив пятнадцать тысяч врагов, чем надолго отбил у них охоту ссориться с ромеями.
Как и Тиверий II, Маврикий слабо интересовался Италией. Борьбу с лангобардами возглавил не равеннский экзарх, а обладавший немалым авторитетом, твердый и разумный политик папа Григорий I. Отношения папы с константинопольским двором сложились крайне плохие, тем более что василевс позволил столичному патриарху именоваться «вселенским», а это совершенно не понравилось главе римской церкви.
Единственной попыткой Маврикия хоть как-то действенно повлиять на положение в Италии стала посылка в 583 г. богатых даров королю австразийских франков Хильдеберту, чтобы франки, как и при Тиверии, тревожили бы лангобардов с северо-запада. Но тот не выполнил условий договора, никак не мешая лангобардам, и обманутый император был вынужден дважды требовать деньги обратно. Италия, брошенная на произвол судьбы, становилась все менее и менее зависимой от власти константинопольского монарха.
В конце своего правления Маврикий начал терять популярность у народа и армии. Императора губила жадность. Еще в 587 или 588 г. недовольные снижением платы — анноны — на четверть, малоазиатские войска взбунтовались и прогнали своего начальника Приска. Послы василевса обещаниями и подарками успокоили воинов, но вскоре случился повторный бунт, усмирять который пришлось, по просьбе императора, самому почитаемому в те поры на востоке страны авторитету — антиохийскому патриарху Григорию.
В 599 г. Маврикий совершил непростительное для правителя и человека деяние: отказавшись выкупить у авар двенадцать тысяч пленных солдат и мирных граждан, он обрек их на смерть, а себя — на всеобщую справедливую ненависть. Мучимый совестью, он потом в порывах запоздалого раскаяния слал щедрые дары монастырям, замаливая этот грех. Словно кара небес, последующие два года державу ромеев поражали сначала чума, а затем сильнейшее землетрясение и засуха. Василевс же не побрезговал в условиях голода осенью 601 г. наживаться на спекуляциях государственным хлебом, и последствия не заставили себя ждать: в ноябре, во время прохождения церковной процессии по улицам Константинополя, в идущих в ней императора и его сына и соправителя Феодосия полетели камни. Маврикий бежал, а горожане, посадив на осла внешне похожего на царя человека, со смехом возили этого человека по столице, распевая непристойные песенки о многочисленном (шесть сыновей и три дочери) потомстве Маврикия: