В том же году по указу великих государей в Сольвычегодске бывшему земскому всеуездному старосте Пачезерской волости крестьянину Степану Пустынникову велено учинить наказание: на площади перед приказной избою бить батоги, сняв рубаху, нещадно, для тою что он, будучи в малых числах (короткое время) во всеуездных старостах, по совету с малыми людьми, без ведома усольцев посадских и уездных людей, бил челом великим государям, будто со всего мирского ведома, о Максимке и Федьке Пивоваровых, чтоб им быть по-прежнему в приказной избе в подьячих, и к той челобитной он, Стенька, дважды руку приложил: вверху подписался старостою Стенькою Пустынниковым, а в другой раз вместо выборного Козырева и за себя подписался крестьянином Пачезерской волости Стенькою Федоровым; кроме того, посылал челобитную, будто от всего мира, на именитого человека Григория Дмитриевича Строганова; писал челобитье, в котором челобитье архимандрита Введенского монастыря называл ложным, затейным и своевольным, писал, что от этого в мире учинилась смута; к своему выбору и к челобитным велел прикладывать руки выборным и посадским и уездным людям, а посадские люди и волостные крестьяне с мирского совета его в старосты не выбирали, и выборному посадскому и волостным выборным его выбирать не велели. Понимали, что дела идут дурно, что так нельзя быть, но как помочь беде?
Мнения делились: одни говорили, что за морем лучше и надобно смотреть туда, другие повторяли, что надобно, прежде всего, выгнать немцев, от которых все зло. Последнего мнения держался, как мы видели, патриарх Иоаким. Он торжествовал с падением Софьи: враг его Медведев был расстрижен, повинился в ереси, казнен как изменник, малороссийские духовные спешили уверениями, что во всем согласны со святейшим.
Патриарх Иоаким решительно противодействовал планам коронации царевны Софьи, встал на сторону Петра. Оставил подробное завещание, где просил будущих царей русских «не сближаться с латинянами, лютеранами, кальвинистами и прочими иноверцами, просил не назначать их на высшие должности ни в армии, ни в суде». Патриарх призывал запретить строительство любых неправославных молитвенных сооружений, а «все, уже построенные, снести». Петр I, кому в первую очередь было адресовано это завещание, ему не последовал
К Барановичу, который отговаривался малороссийским обычаем, послана патриаршая грамота: «Писали мы к тебе, желая ведать согласие и единомыслие твое к св. восточной церкви и к нам, архипастырю твоему; и твое боголюбие, презирая и в ничто полагая нас, отца и архипастыря твоего, по прошествии многого времени едва отписал, и то не по своей мудрости; мы тебя спрашивали об одном, а ты отвечал о другом. Мы тебе предложили от востока, а ты, отскочивши в противную сторону, говоришь от запада; и простому человеку стыдно так говорить; вместо того чтоб противопоставить нам обычай, преданный св. отцами, ты толкуешь о своем застарелом обычае и о новшествах, обретающихся неосмотренно в новосочиняемых ваших книгах. Изъяви нам все искренно и немедленно, да не обнаружится пред нами твое непокорство и презрение. Или ты один вне власти, нам данной? Митрополит Гедеон и архимандрит Варлаам прислали нам свое согласие и единоумие во всем. Коли ты нас о себе не известишь, не смей священнодействовать до совершенного о тебе суда; да знаешь главу и отца твоего и да научишься не быть презорлив и непослушлив к архипастырю своему и восточной церкви святой. Если же будешь согласен с св. восточной церковию и объявишь немедленно свое согласие и единоумие с нами, то священнодействуй невозбранно».
В.В. Голицын, покровитель иезуитов, сослан, и патриарх со всем освященным собором бьет челом, что «езувиты живут на Москве многое время без дела, а прежде сего изстари при предках государских римские езувиты в Московском государстве никогда не были и не живали; а ныне живучи они, езувиты, в Москве чинят многую св. соборной апостольской церкви и догматом ея противность печатными письмами и образами на полотнах и на роговой кости, также и иными прелестями, а у св. соборной апостольской восточной церкви с западным римским костелом многие несходства, и чтоб великие государи больше сего им, езувитам, за такими вышепомянутыми препятствиями в Московском государстве жить не позволили».
Великие государи указали: «Езувитов (Давида и Товию) с Москвы отпустить милостиво и дать им жалованье и подводы до литовского рубежа». Иезуиты били челом, чтоб позволено им было описаться об отпуске своем к цесарскому величеству и дать бы им сроку до тех пор, пока они продадут двор свой в Немецкой слободе, который куплен из цесарской казны, и сами в дорогу уберутся. Пересылаться им с цесарем не позволили и для сборов в дорогу дали только два дня.