Мазепа сам писал о буйстве запорожцев во время похода, но и от тех, которые оставались на Сечи, не было покоя. В начале 1701 года запорожцы прислали Мазепе жалобу, что селитреники, которые выделывают селитру около реки Самары, обещали им платить с котла по сто золотых и обещания не исполняли. Донеся об этой жалобе государю, гетман писал: запорожцы кроме того, что берут по сто золотых с котла, притесняют селитреников всячески: и деньги, и напитки, и харчи берут с селитряных майданов беспрестанно, почему селитра дешево продаваться не может. Запорожцы упорно называют речку Самару от устья до верху и леса, по ее берегам растущие, и дальние буераки лесовые, и могилы, из которых селитра делается, своими; грозили майданы селитряные разорить, селитреников с работниками отогнать и не только на селитряное дело, ни на какую потребу лесов самарских никому не давать, как паствы скотине там не дают. И если при реке Самаре селитры не делать, то нигде более способных мест нет.
В апреле новое донесение от гетмана. Войско Запорожское низовое, собравшись в числе трех тысяч, приготовя четыре пушки, поставив себе полковников, хотело идти на Ногайскую Орду на помощь крымскому хану. Гетман послал им выговор, как они смели самовольно сноситься с крымским ханом и идти на Ногайскую Орду. Кошевой отвечал: «Трудно было нам посылать в Москву и дожидаться монаршеского указа или докладывать вашей вельможности, потому что хан позвал нас вдруг, уже вышедши на поле; он обещал нам своих коней и уступку всей добычи. Дело не сделалось по непостоянству зимы; некоторые из наших хотели идти на ханский призыв, а не всем кошем мы поднимались и не на православных каких хотели идти. Здесь исконная вольность: кто куда хочет пойдет и где хочет добычу берет, удерживать войско от корыстей невозможно. Да и о том докладываем, что теперь низовое войско час от часу стесняется людьми городовыми, зверя и рыбы казакам добыть негде, а монаршеским жалованьем целый год прожить нельзя, и потому поневоле принуждено наше товарищество идти в помощь хану на Орду Ногайскую. Нам кажется, за это гневаться на нас не следовало, напротив, надобно было радоваться, что бусурманы, бранясь между собою, нас призывают. Мы о том промышляем, чтоб они не только низовое, но и городовое войско призывали себе на пагубу».
Гетман сам вызывался идти в ливонский поход и именно Литвою; желание его было исполнено, он получил указ выступать. Но в это же время Мазепа бьет челом, что от тяжких походов козаки и поселяне очень злобятся и переговаривают между собою, что им приходит пропадать до конца, скоро изгубят их москали частыми и трудными походами, у каждого мысль – уходить за Днепр. И для всякого опасения, чтоб над ним, гетманом, не сделали какого зла внезапно, указал бы государь быть при нем тысяче человек стрельцов, а жить им попеременно: пятьсот при гетмане, а другие пятьсот в Путивле. Жен их и детей привесть к ним в Путивль, потому что теперь живут в Батурине стрельцы седьмой год без жен и, впавши в отчаяние, делают такие неистовства, что и выговорить стыдно; а в Батурине жить им с женами неприлично, потому что делаются от них батуринским жителям великие обиды, кражи беспрестанные.
Но этого мало: в июле 1701 года Мазепа дал знать Головину о прелестях татарских. Ханский визирь, зазвавши к себе гетманского посланца, говорил ему: «Где ваш царь? На Воронеже корабли строит, понапрасну трудится! Для чего ваш царь пренебрегает ханом и всем государством Крымским? Для чего не хочет нам казны давать по-прежнему? Если надеется на силу, так и хан также силен: как сядет на коня, то будет с ним двести тысяч сабель. Если надеется на калмыков, то и та надежда даровая; это цыгане, только б им казну от царя брать, а с нами никогда по правде не будут биться. Скажи гетману, что если он словам моим не верит, то пусть созовет раду и мои слова объявит старшине и черни: увидит, что все возмутятся за нашу любовь, только пусть обнадежит всякого, что вольно все говорить. Знаем мы хорошо, что у вас на Украйне делается, знаем, что все козаки обнищали; а когда будут с нами по-прежнему в братстве, то в несколько лет станут так же богаты, как при Хмельницком были; я говорю именем хана и всего Крымского государства; жаль нам вас, как людей воинских, скоро пропадете держась того народу московского».