В конце 1708 г. с трудом налаженная система была реорганизована в ходе проведения губернской реформы. В канун решающих событий Северной войны царь задумал усилить централизацию управленческого аппарата. Согласно новому указу вся страна делилась на восемь губерний, во главе которых стояли губернаторы, получившие почти неограниченную власть. В их руках находился сбор налогов, руководство городами, набор рекрутов и т. д. Число губерний со временем возрастет.
Попытки реконструировать громоздкую губернскую систему завершатся в 1719 г. созданием двухчастной схемы управления: провинция – уезд (дистрикт). При формальном сохранении губерний главной административной единицей устанавливалась провинция, их число достигало полусотни. Управляли провинцией несколько должностных лиц (воевода, сборщик налогов, казначей) и канцелярии (таможенная, рекрутских дел и т. д.), подчинявшиеся коллегиям. Во главе уездов стояли назначаемые земские комиссары. Существовали и полковые дистрикты, занимавшиеся обеспечением войск.
На следующий год в С.-Петербурге появился Главный магистрат, которому должны были подчиняться вновь создаваемые городские магистраты (с выборными бурмистрами). Ликвидированные губернской реформой органы местного самоуправления получили второе дыхание (но уже без фискальных функций).
Параллельно происходила трансформация и высших органов власти. Боярская дума – важный законосовещательный орган при прежних правителях – постепенно теряет свое значение. Царь прекращает практику обсуждения на ее заседаниях важных государственных дел, вводит негласный мораторий на пожалование в высшие думские чины – бояре и окольничие. Последнее известное заседание Боярской думы датируется 1704 г.
Медаль в память об основании Петербурга.
С 1701 г. ряд властных полномочий начинает выполнять «Консилия министров», куда вошли руководители крупных приказов и канцелярий. Заседания новоиспеченного органа, который временно заменял монарха во время его отсутствия в столице, проходили в Ближней канцелярии.
В 1711 г., в канун Прутского похода, Пётр I представил новый орган управления: «Определили быть для отлучек наших правительствующий Сенат, для управления…» Призванный временно заменить монарха во время его отсутствия, Сенат со временем превратился в важнейшее ведомство. Для текущей работы в его составе было создано несколько столов, которым была передана компетенция некоторых приказов. После ряда реорганизаций указом 1722 г. за Сенатом была окончательно закреплена функция верховного арбитра в делах коллегий и судебных вопросах гражданского характера. Его состав формировался лично императором из «тайных действительных и тайных советников». Совмещать обязанности сенатора и руководителя коллегии запрещалось. С увеличением аппарата и усложнением структуры учреждения в его составе появились новые должности: генерал-прокурор (контроль деятельности), генерал-рекетмейстер (прием челобитных), герольдмейстер (учет и регистрация дворянских чинов).
В целом, конечно, не стоить переоценивать роль Сената как высшего органа управления. Всей полнотой власти в России обладал монарх, которому Сенат помогал в его деятельности, при этом полностью завися от его воли. Император мог назначить в сенаторы любого человека и так же легко отстранить от должности. Какой-либо правовой защитой (по писаному или обычному праву) не обладал даже самый знатный член Сената. Не шла речь и об ограничении самодержавной власти. Абсолютизм сменил эпоху сословно-представительной монархии.
Несмотря на ряд достоинств приказной системы, к концу XVII в. стало понятно, что она не в состоянии справиться с новыми требованиями времени. Петра не устраивали медлительность и неповоротливость аппарата приказов, пересечение ряда компетенций, совмещение функций разных областей права. Все это не соответствовало требованиям регулярного государства, опирающегося на четкую систему узаконений.
В экстраординарных условиях войны Пётр создает несколько новых канцелярий, на которые возлагает функции некоторых приказов. Происходила постоянная ротация ведомств. Попытки введения новой системы центральных органов власти предпринимались в 1712 и 1715 гг.
О проведении новой реформы системы отраслевого управления, вводившей коллегии, Пётр объявил в 1717 г. На этот раз изменения должны были проходить в несколько этапов, включавших формирование штата новых органов, разработку регламентов и инструкций, освоение нового порядка заседаний. В 1718 г. царский указ регламентировал создание девяти коллегий. Их численность постоянно менялась: некоторые были разделены, другие ликвидированы. В результате к концу правления Петра действовало одиннадцать новых ведомств.