Крестьянский вопрос еще более обостряли военные поселения, упорно насаждавшиеся в стране с 1816 г. Идеей создания военизированных сельских поселений, состоявших на самообеспечении, Александр увлекся еще в 1810 г., поскольку это давало возможность сократить расходы на содержание армии. Тогда же был брошен первый пробный камень: в Могилевской губернии был поселен один батальон Елецкого мушкетерского полка, солдаты которого сочетали военную службу с занятием сельским хозяйством. Коренные жители избранной для поселения местности были переселены в Новороссийский край. Война 1812 года прервала этот эксперимент, после победы он продолжился в широких масштабах и уже на несколько иных началах. По поручению императора граф Аракчеев, назначенный непосредственным исполнителем данного мероприятия, разработал проект устройства военных поселений, предусматривавший обращение в военных поселян не только регулярных солдат, размещенных на выбранных для этого землях, но также проживавших там государственных крестьян и казаков, которые помимо земледельческих работ должны были также принимать участие в военных учениях. Эти крестьяне освобождались от уплаты казенных податей, исполнения рекрутской и других повинностей, но обязывались обеспечивать поселенные полки продовольствием и фуражом, а также комплектовать их способными к службе людьми. Солдаты действующих воинских частей, в свою очередь, должны были помогать им обрабатывать земельные участки. Осуществление проекта позволяло не только сократить расходы на содержание действующей армии, но и в случае необходимости увеличить ее в несколько раз за счет подготовленных резервов. Кроме того, солдаты получали возможность во время службы проживать со своими семьями.
Одним из первых в 1816 г. был поселен батальон гренадерского графа Аракчеева полка. Педантичный и исполнительный Аракчеев приложил немало усилий, чтобы сделать это поселение образцовым. Согласно его отчету опыт оказался удачным, поэтому в дальнейшем был проведен целый ряд поселений различных родов войск. К концу царствования Александра I на новое положение было переведено около трети всей регулярной армии.
С экономической точки зрения военные поселения себя полностью оправдывали. В них царили чистота и образцовый порядок, были построены двухэтажные дома, школы, лазареты, создан заемный банк, организовано обеспечение инвалидов. Александр I был от них в восторге, М. М. Сперанский называл их «чудесными», Н. М. Карамзин – «удивительными». Однако при наличии ряда несомненных плюсов военные поселения имели и отрицательные стороны, которые в глазах самих поселян перечеркивали едва ли не все положительное. Главными из них были: «пожизненная военная служба», то есть обращение поселян в постоянное военное сословие, невыносимо строгая, мелочная регламентация их быта, а также жесткая система штрафов и наказаний, предусмотренных за различные провинности.
Время от времени в военных поселениях вспыхивали волнения, участники которых требовали вернуть их в «прежнее состояние», изгоняли или убивали своих начальников. Наиболее крупным было восстание Чугуевского и Таганрогского уланских полков, состоявшееся летом 1819 г. в Слободско-Украинской губернии. Выступление было жестоко подавлено, 275 человек были приговорены военным судом к наказанию шпицрутенами (прогнаны сквозь строй).
Насаждение военных поселений и некоторые другие непопулярные в обществе меры, добросовестно проводившиеся в жизнь бесконечно преданным императору Аракчеевым, вошли в историю под мрачным названием «аракчеевщина». Жесткий и требовательный характер «Силы Андреевича», а также почти безграничное доверие к нему со стороны Александра I, сделавшего его основным докладчиком по всем важнейшим вопросам, вызывали у царедворцев колоссальную зависть и неприязнь. В результате в мемуарной, а затем и в исторической литературе постепенно сформировался чрезмерно преувеличенный негативный образ «всесильного временщика», являвшегося проводником якобы реакционной политики последних лет правления Александра. Современные исследователи отказываются от традиционной оценки А. А. Аракчеева и рассматривают военные поселения как рациональный элемент реформаторства Александра I.
Конечно, конец царствования нашего героя был несколько более консервативным, чем либеральное начало его правления, но назвать его реакционным было бы неправомерно. В ближайшем окружении императора продолжали разрабатываться проекты реформ центрального и местного управления; Комиссия составления законов работала над кодификацией российского законодательства. Многие идеи и проекты, задуманные Александром, стали фундаментом для преобразований, осуществленных впоследствии императорами Николаем I и Александром II. Практически не изменились и взгляды царя. «А все-таки, что бы ни говорили обо мне, я жил и умру республиканцем», – заявил он за три недели до своей смерти.