В марте стало известно, что в Бресте был заключен сепаратный мир с Германией. Государь не скрывал к нему своего отношения: «Это такой позор для России и это «равносильно самоубийству». Когда прошел слух, что немцы требуют от большевиков выдачи им Царской семьи, Императрица заявила: «Предпочитаю умереть в России, нежели быть спасенной немцами». Первый большевистский отряд прибыл в Тобольск во вторник 22 апреля. Комиссар Яковлев осматривает дом, знакомится с узниками. Через несколько дней он сообщает, что должен увезти Государя, уверяя, что ничего плохого с ним не случится. Предполагая, что его хотят отправить в Москву для подписания сепаратного мира с Германией, Государь, которого ни при каких обстоятельствах не покидало высокое душевное благородство (вспомним Послание пророка Иеремии: царь, показуяй свое мужество – Посл. Иер. 1, 58), твердо сказал: «Я лучше дам отрезать себе руку, чем подпишу этот позорный договор».
Наследник в это время был болен, и везти его было невозможно. Несмотря на страх за больного сына, Государыня принимает решение следовать за супругом; с ними отправилась и Великая княжна Мария Николаевна. Только 7 мая члены семьи, оставшиеся в Тобольске, получили известие из Екатеринбурга: Государь, Государыня и Мария Николаевна заключены в дом Ипатьева. Когда здоровье Наследника поправилось, остальные члены Царской семьи из Тобольска были также доставлены в Екатеринбург и заточены в том же доме, но большинство лиц, приближенных к семье, к ним допущено не было.
О екатеринбургском периоде заточения Царской семьи свидетельств осталось гораздо меньше. Почти нет писем. В основном этот период известен лишь по кратким записям в дневнике Императора и показаниям свидетелей по делу об убийстве Царской семьи. Особенно ценным представляется свидетельство протоиерея Иоанна Сторожева, совершавшего последние богослужения в Ипатьевском доме. Отец Иоанн служил там дважды в воскресные дни обедницу; в первый раз это было 20 мая (2 июня) 1918 года: «… диакон говорил прошения ектений, а я пел. Мне подпевали два женских голоса (думается, Татьяна Николаевна и еще кто-то из них), порой низким басом и Николай Александрович… Молились очень усердно…»
«Николай Александрович был одет в гимнастерку защитного цвета, таких же брюках, при высоких сапогах. На груди у него офицерский Георгиевский крест. Погон не было… [Он] произвел на меня впечатление своей твердой походкой, своим спокойствием и особенно своей манерой пристально и твердо смотреть в глаза…» – писал отец Иоанн.
Сохранилось немало портретов членов Царской семьи – от прекрасных портретов А. Н. Серова до поздних, сделанных уже в заточении, фотографий. По ним можно составить представление о внешности Государя, Императрицы, Цесаревича и Княжон – но в описаниях многих лиц, видевших их при жизни, особое внимание обычно уделяется глазам. «Он смотрел на меня такими живыми глазами…» – говорил о Наследнике отец Иоанн Сторожев. Наверное, наиболее точно можно передать это впечатление словами Премудрого Соломона: «В светлом взоре царя – жизнь, и благоволение его – как облако с поздним дождем…» В церковнославянском тексте это звучит еще выразительнее: «во свете жизни сын царев» (Притч. 16, 15).
Условия жизни в «доме особого назначения» были гораздо тяжелее, чем в Тобольске. Стража состояла из 12-ти солдат, которые жили в непосредственной близости от узников, ели с ними за одним столом. Комиссар Авдеев, закоренелый пьяница, ежедневно изощрялся вместе со своими подчиненными в измышлении новых унижений для заключенных. Приходилось мириться с лишениями, переносить издевательства и подчиняться требованиям этих грубых людей – в числе охранников были бывшие уголовные преступники. Как только Государь и Государыня прибыли в дом Ипатьева, их подвергли унизительному и грубому обыску. Спать Царской чете и Княжнам приходилось на полу, без кроватей. Во время обеда семье, состоящей из семи человек, давали всего пять ложек; сидящие за этим же столом охранники курили, нагло выпуская дым в лицо узникам, грубо отбирали у них еду.
Прогулка в саду разрешалась единожды в день, поначалу в течение 15–20 минут, а потом не более пяти. Поведение часовых было совершенно непристойным – они дежурили даже возле двери в туалет, причем не разрешали запирать двери. На стенах охранники писали нецензурные слова, делали неприличные изображения.
Рядом с Царской семьей оставались лишь доктор Евгений Боткин, который окружил узников заботой и был посредником между ними и комиссарами, пытаясь защищать их от грубости стражи, и несколько испытанных, верных слуг: Анна Демидова, И. С. Харитонов, А. Е. Трупп и мальчик Леня Седнев.