Цуда был сразу же схвачен. На суде он мотивировал свои действия тем, что якобы принял Цесаревича за европейского шпиона. Позже суд приговорил его к пожизненному заключению в тюрьме на острове Хоккайдо.
Наследника повезли обратно в губернаторский дом. Там лейб-медики обработали и зашили рану. Как писал Цесаревич отцу: «
Наследнику были нанесены две раны на правой стороне головы: одна, длиной около 9 см, проникла до кости. Врач эскадры удалил с костной ткани тонкий слой площадью приблизительно 73 мм.
6 мая 1891 г., то есть в свой день рождения, Цесаревич получил письмо от своего отца: «
Впоследствии появилось расхожее мнение, будто бы покушение в Оцу настроило Императора Николая II враждебно к Японии, что впоследствии якобы привело к войне с нею. В частности, С.Ю. Витте в своих воспоминаниях писал, что покушение «
Между тем в Токио были крайне взволнованы возможными политическим последствиями покушения. Там даже опасались войны с Россией. На следующее утро с токийского вокзала отошёл специальный поезд, в котором находился сам император (микадо) Муцухито, спешивший к Цесаревичу с личными извинениями. В Японии микадо почитался за божество, и его передвижение являлось важным государственным событием. Муцухито выразил Наследнику свои слова соболезнования, пожаловав ему высший японский орден Хризантемы. 7 мая 1891 г. Александр III приказал прервать визит Цесаревича в Японию и отправиться обратно домой, через Дальний Восток и Сибирь.
16 мая 1891 г. Николай Александрович въехал во Владивосток через специально построенную по этому случаю Триумфальную арку. Утром 19 мая Цесаревич принял участие в торжественной церемонии закладки уссурийского участка Транссибирской железнодорожной магистрали. Он провёз символическую тачку с землёй для железнодорожной насыпи и совершил пробную поездку по трехкилометровому построенному участку.
30 мая Цесаревич попрощался с командой «